SUPERFAMILY HMM library and genome assignments server

SUPERFAMILY Assignments for Genomes and Sequence Collections

The assignments are organised into four tables: Model organisms, Strains, Longest transcript per gene and Others.
Click on a table heading to sort on that column.
We put considerable effort into classifying prokaryotes as either model species or strains. Please let us know if you disagree with our classification. The "longest transcript per gene" versions of the eukaryotic genomes may prove useful in eliminating bias from splice variants. A number of duplicate genomes are included. Originally these duplicate genomes used different sequence identifiers.
Please contact superfamily@mrc-lmb.cam.ac.uk to have a genome or some other data set analysed and/or added.
Organisms can be browsed by taxonomy on the taxonomy page. All data is available for download.

Model organisms

Click on a genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs
Homo sapiens 49_36k (all transcripts) E 46591 29361 63 38 58759 948 1092 62 98 505 308 1228
Pan troglodytes 49_21h (all transcripts) E 33137 20738 63 38 41521 935 1067 44.4 98 503 309 1201
Pongo pygmaeus 49_1 (all transcripts) E 23409 14803 63 39 28404 934 1058 30.4 97 497 306 1139
Macaca mulatta 49_10h (all transcripts) E 36384 23194 64 39 43842 941 1074 46.6 98 480 292 1191
Otolemur garnettii 49_1c (all transcripts) E 15448 9951 64 36 18031 862 912 20.9 95 541 300 960
Microcebus murinus 49_1 (all transcripts) E 16319 10576 65 36 19388 896 972 21.6 95 541 302 1020
Rattus norvegicus 49_34s (all transcripts) E 32948 22178 67 41 40181 931 1063 43.2 98 492 299 1157
Mus musculus 49_37b (all transcripts) E 39667 25885 65 39 49300 944 1092 52.2 98 504 305 1182
Spermophilus tridecemlineatus 49_1e (all transcripts) E 14830 9466 64 35 16735 867 891 19.3 95 537 296 937
Cavia porcellus 49_1c (all transcripts) E 14219 9192 65 35 15921 862 872 18.5 95 537 290 887
Oryctolagus cuniculus 49_1f (all transcripts) E 15438 9939 64 36 17286 855 913 20.2 95 517 287 952
Ochotona princeps 49_1 (all transcripts) E 15843 10366 65 36 19007 894 963 21.3 95 548 304 1016
Tupaia belangeri 49_1d (all transcripts) E 15462 9920 64 36 17500 868 919 20.2 95 527 293 958
Bos taurus 49_3f (all transcripts) E 27694 17926 65 39 33493 935 1064 35.8 97 501 304 1141
Canis familiaris 49_2g (all transcripts) E 25558 17505 68 41 31341 937 1070 33.4 97 505 303 1143
Felis catus 49_1c (all transcripts) E 14843 9463 64 40 16962 871 901 19.5 95 452 281 1067
Equus caballus 49_2 (all transcripts) E 22748 15267 67 40 30978 917 1046 33.8 97 557 330 1107
Myotis lucifugus 49_1e (all transcripts) E 16232 10571 65 36 19138 900 958 21.3 95 538 295 1002
Sorex araneus 49_1c (all transcripts) E 13192 8716 66 36 15032 840 858 17.9 94 526 289 880
Erinaceus europaeus 49_1c (all transcripts) E 14592 9523 65 36 16807 864 899 19.5 95 541 298 957
Loxodonta africana 49_1d (all transcripts) E 15717 10200 65 36 17744 866 890 20.5 95 516 287 934
Echinops telfairi 49_1e (all transcripts) E 16562 10609 64 36 18744 875 937 21.4 95 522 291 978
Dasypus novemcinctus 49_1f (all transcripts) E 15539 9923 64 36 16948 847 850 20 95 491 276 859
Monodelphis domestica 49_5d (all transcripts) E 32557 23774 73 44 60361 932 1038 64.8 98 574 344 1159
Ornithorhynchus anatinus 49_1f (all transcripts) E 26836 17646 66 41 30119 882 920 34.1 97 445 278 981
Gallus gallus 49_2g (all transcripts) E 22195 13855 62 39 26513 905 974 29.3 97 489 308 1086
Xenopus laevis  E 30604 22010 72 45 35685 851 918 41.9 98 432 271 829
Xenopus tropicalis 49_41i (all transcripts) E 27711 19264 70 43 35765 957 1030 37.4 97 506 312 1140
Danio rerio 49_7c (all transcripts) E 31743 22072 70 44 41072 902 970 45.5 98 470 298 1066
Gasterosteus aculeatus 49_1f (all transcripts) E 27577 18637 68 43 34507 924 984 37.3 97 494 314 1129
Oryzias latipes 49_1e (all transcripts) E 24661 16498 67 42 30403 911 954 33.4 97 486 306 1089
Tetraodon nigroviridis 49_1k (all transcripts) E 27991 15270 55 38 27017 915 935 29.5 97 404 279 1199
Takifugu rubripes 49_4i (all transcripts) E 47841 36666 77 43 81269 925 987 87.9 99 633 352 1225
Branchiostoma floridae 1.0 E 50817 32231 63 40 61452 921 1388 66.7 99 452 284 1733
Ciona savignyi 49_2f (all transcripts) E 20143 12083 60 44 26714 770 704 34.7 97 481 356 845
Ciona intestinalis 49_2i (all transcripts) E 19858 11361 57 42 20762 776 711 26.8 96 419 306 875
Strongylocentrotus purpuratus  E 42420 26020 61 41 47108 883 1276 53.3 98 427 289 1176
Helobdella robusta  E 23432 10750 46 30 15935 852 726 18.7 95 375 248 766
Capitella sp. I  E 32415 16395 51 37 24523 968 901 25.3 96 355 261 1070
Bombyx mori  E 21302 8398 39 33 11602 784 1086 14.8 93 277 231 742
Nasonia vitripennis  E 9254 6364 69 39 10501 812 697 12.9 92 566 325 789
Apis mellifera 37.2d (all transcripts) E 27755 15312 55 45 26072 834 1164 31.3 97 361 297 782
Drosophila grimshawi 1.2 E 14986 7880 53 32 12994 833 735 15.6 94 495 300 805
Drosophila willistoni 1.2 E 15513 7750 50 31 12724 838 735 15.2 93 487 304 797
Drosophila pseudoobscura 2.2 E 16071 7898 49 31 13010 836 731 15.6 94 478 300 795
Drosophila persimilis 1.2 E 16879 8031 48 31 12493 831 721 15 93 427 282 781
Drosophila yakuba 1.2 E 16082 7836 49 31 12820 835 736 15.4 93 469 302 802
Drosophila simulans 1.2 E 15415 7339 48 32 11179 820 694 13.6 93 410 278 736
Drosophila sechellia 1.2 E 16471 8188 50 32 12835 833 728 15.4 94 434 281 784
Drosophila melanogaster FlyBase 5.7 (all transcripts) E 21051 12337 59 33 23328 847 753 27.5 96 577 326 828
Drosophila melanogaster Ensembl 49_54 (all transcripts) E 20815 12189 59 33 22782 847 753 26.9 96 572 323 827
Drosophila erecta 1.2 E 15049 7652 51 32 12623 836 735 15.1 93 484 301 792
Drosophila ananassae 1.2 E 15070 7723 51 32 12701 835 736 15.2 93 489 302 808
Drosophila virilis 1.1 E 14491 7562 52 32 12522 837 740 15 93 499 302 793
Drosophila mojavensis 1.2 E 14595 7410 51 31 12233 837 737 14.6 93 493 303 765
Aedes aegypti 49_1b (all transcripts) E 16789 9758 58 36 15677 830 731 18.9 95 457 287 804
Culex pipiens quinquefasciatus  E 14221 8730 61 39 13945 831 1180 16.8 94 443 278 786
Anopheles gambiae 49_3j (all transcripts) E 13133 7719 59 37 12993 841 724 15.4 94 474 300 779
Tribolium castaneum 3.0 E 16422 8065 49 35 14009 852 758 16.4 94 466 328 950
Daphnia pulex  E 30940 10986 36 29 16331 884 1269 18.5 95 325 266 907
Lottia gigantea  E 23851 11518 48 35 18681 891 1299 21 95 378 274 949
Brugia malayi  E 11515 5250 46 33 8230 751 565 11 91 371 272 610
Caenorhabditis elegans WormBase WS147 (all transcripts) E 22806 11177 49 34 18012 816 1203 22.1 95 440 303 756
Caenorhabditis elegans Ensembl 49_180a (all transcripts) E 26902 13718 51 36 22140 816 655 27.1 96 438 306 743
Caenorhabditis briggsae 2 E 19334 9000 47 33 13564 811 1184 16.7 94 413 291 756
Nematostella vectensis 1.0 E 27273 14626 54 41 22086 938 1369 23.5 96 330 252 1084
Trichoplax adhaerens  E 11520 7347 64 42 11730 836 696 14 93 453 301 791
Monosiga brevicollis  E 9196 5490 60 33 8828 766 1052 11.5 91 598 326 774
Malassezia globosa CBS 7966  E 4286 2595 61 38 3653 651 446 5.6 82 483 300 388
Ustilago maydis 1 r2 E 6522 3626 56 29 5179 719 1045 7.2 86 612 317 465
Puccinia graminis f. sp. tritici CRL 75-36-700-3  E 20567 4505 22 17 5934 692 918 8.6 88 368 287 417
Sporobolomyces roseus  E 5536 3238 58 32 4559 695 964 6.6 85 564 313 406
Coprinopsis cinerea okayama7 130  E 13544 5698 42 29 7763 739 1031 10.5 90 450 309 536
Laccaria bicolor  E 20614 6547 32 24 8481 748 1043 11.3 91 366 279 496
Phanerochaete chrysosporium 2.1 E 10048 5380 54 35 7153 719 1065 9.9 90 454 298 468
Postia placenta  E 17173 8340 49 32 11129 747 1038 14.9 93 458 302 553
Cryptococcus neoformans JEC21  E 5882 3413 58 33 4718 686 968 6.9 85 535 309 401
Schizosaccharomyces japonicus yFS275  E 5167 2932 57 40 4259 650 877 6.6 85 444 313 423
Schizosaccharomyces pombe E 5001 3045 61 40 4350 678 515 6.4 84 472 309 444
Podospora anserina  E 10593 5432 51 33 7556 781 595 9.7 90 495 314 529
Chaetomium globosum CBS 148.51  E 11124 5227 47 31 7416 756 1059 9.8 90 494 327 555
Neurospora crassa 7 E 10620 4398 41 28 6155 758 1125 8.1 88 462 315 504
Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici 4286  E 17608 8573 49 36 11355 781 1136 14.5 93 412 307 585
Nectria haematococca mpVI  E 15707 8766 56 37 11608 780 1130 14.9 93 479 317 588
Fusarium verticillioides 7600  E 14175 7186 51 38 9606 778 1132 12.3 92 420 311 566
Fusarium graminearum  E 13321 6515 49 35 8921 789 632 11.3 91 447 320 563
Trichoderma atroviride  E 11100 6144 55 37 8380 768 584 10.9 91 471 316 547
Trichoderma reesei 1.2 E 9997 5489 55 37 7545 781 1163 9.7 90 455 303 532
Trichoderma virens  E 11643 6588 57 38 9165 780 597 11.8 91 478 322 560
Magnaporthe grisea 7 r2.3 E 11109 5274 47 33 7362 743 1094 9.9 90 470 322 512
Botrytis cinerea B05.10  E 16389 5585 34 30 7451 744 1054 10 90 336 300 522
Sclerotinia sclerotiorum  E 14522 5145 35 31 7052 751 1069 9.4 89 363 314 510
Histoplasma capsulatum class NAmI strain WU24  E 9349 4208 45 32 5732 721 993 8 87 436 308 455
Coccidioides posadasii RMSCC 3488  E 9897 4255 43 32 5910 743 550 8 87 415 313 484
Coccidioides immitis RS  E 10457 4349 42 32 6034 738 1029 8.2 88 413 314 495
Uncinocarpus reesii 1704  E 7798 4022 52 34 5670 721 1009 7.9 87 479 320 478
Neosartorya fischeri NRRL 181  E 10403 5933 57 38 8304 775 1116 10.7 91 489 328 550
Aspergillus terreus NIH2624  E 10401 6072 58 39 8694 758 1087 11.5 91 500 338 609
Aspergillus fumigatus E 9926 5520 56 37 7733 767 1157 10.1 90 484 323 545
Aspergillus oryzae RIB40  E 12063 6855 57 42 9404 747 1081 12.6 92 450 330 551
Aspergillus niger ATCC 1015  E 8592 4930 57 40 6799 625 865 10.9 91 487 336 405
Aspergillus flavus NRRL3357  E 12587 6998 56 40 9816 784 625 12.5 92 459 334 646
Aspergillus clavatus NRRL 1  E 9120 5197 57 38 7395 766 1096 9.7 90 495 328 544
Aspergillus nidulans 1 r3.1 E 9541 5646 59 38 8219 755 1137 10.9 91 531 338 590
Pyrenophora tritici-repentis  E 12169 5550 46 32 7680 765 605 10 90 449 320 537
Cochliobolus heterostrophus  E 9633 5562 58 40 7725 763 620 10.1 90 473 326 525
Stagonospora nodorum 1 E 16597 6532 39 31 8759 774 1167 11.3 91 389 307 527
Mycosphaerella fijiensis  E 10327 5247 51 36 7079 748 586 9.5 89 434 311 486
Mycosphaerella graminicola  E 11395 5417 48 35 7332 759 1073 9.7 90 430 314 513
Candida tropicalis MYA-3404  E 6258 3460 55 34 4696 682 937 6.9 85 485 299 414
Candida parapsilosis  E 5733 3292 57 35 4522 675 504 6.7 85 510 307 418
Candida glabrata E 5271 2983 57 35 4181 668 939 6.3 84 502 306 394
Candida albicans SC5314 E 6165 3427 56 34 4649 691 982 6.7 85 479 294 415
Yarrowia lipolytica E 6659 3682 55 36 5073 689 987 7.4 86 479 309 435
Candida lusitaniae ATCC 42720  E 5936 3128 53 34 4282 675 919 6.3 84 463 299 413
Vanderwaltozyma polyspora  E 5345 2995 56 33 4182 660 507 6.3 84 504 300 378
Lodderomyces elongisporus NRRL YB-4239  E 5796 3172 55 33 4321 670 914 6.4 84 510 303 394
Ashbya gossypii 1.0 E 4726 2765 59 36 3865 672 939 5.8 83 490 304 392
Debaromyces hansenii E 6869 3667 53 36 4939 697 1001 7.1 86 446 297 429
Saccharomyces mikatae MIT E 10315 3411 33 31 4582 671 951 6.8 85 293 277 396
Saccharomyces paradoxus MIT E 10559 3301 31 30 4562 669 955 6.8 85 304 296 389
Saccharomyces cerevisiae SGD E 6702 3346 50 34 4681 685 973 6.8 85 450 305 409
Saccharomyces cerevisiae Ensembl 49_1h (all transcripts) E 6698 3334 50 34 4668 686 564 6.8 85 450 305 410
Saccharomyces bayanus MIT E 11996 3375 28 29 4556 660 941 6.9 86 273 283 387
Candida guilliermondii ATCC 6260  E 5920 3431 58 37 4677 677 943 6.9 86 467 301 426
Pichia stipitis CBS 6054  E 5839 3405 58 36 4649 688 941 6.8 85 492 307 406
Kluyveromyces lactis E 5331 2977 56 36 4141 680 966 6.1 84 469 303 408
Kluyveromyces waltii E 5214 2932 56 36 4031 663 943 6.1 84 464 299 393
Rhizopus oryzae RA 99-880  E 17467 7459 43 37 10415 725 1025 14.4 93 343 294 557
Phycomyces blakesleeanus  E 14792 6188 42 31 8588 740 1040 11.6 91 391 288 537
Encephalitozoon cuniculi E 1996 1014 51 39 1335 362 440 3.7 73 359 276 150
Batrachochytrium dendrobatidis JEL423  E 8793 4070 46 29 5627 708 955 7.9 87 471 291 473
Dictyostelium discoideum E 13681 6410 47 28 9359 761 1099 12.3 92 518 312 616
Entamoeba histolytica 1 E 9772 4744 49 35 6407 497 660 12.9 92 389 283 300
Vitis vinifera  E 30434 16906 56 43 23055 824 680 28 96 367 287 847
Arabidopsis thaliana 8 (all transcripts) E 32825 18900 58 41 26077 829 690 31.5 97 401 285 748
Carica papaya  E 28589 11795 41 36 15205 800 625 19 95 292 256 680
Medicago truncatula  E 27895 9005 32 35 12378 635 855 19.5 95 266 290 461
Populus trichocarpa 1.1 E 45555 24531 54 43 32248 916 1333 35.2 97 330 263 879
Oryza sativa ssp. japonica 5.0 E 66710 30538 46 35 45023 831 1196 54.2 98 449 343 854
Sorghum bicolor  E 34496 17526 51 35 23390 818 657 28.6 97 407 281 818
Selaginella moellendorffii  E 22285 12668 57 42 16486 823 671 20 95 381 279 757
Physcomitrella patens subsp. patens  E 35938 12637 35 27 17131 839 1216 20.4 95 363 279 735
Chlorella sp. NC64A  E 9791 5819 59 36 7798 774 556 10.1 90 455 277 601
Volvox carteri f. nagariensis  E 15544 6586 42 22 8881 806 1106 11 91 557 283 598
Chlamydomonas reinhardtii 3.0 E 15256 6998 46 28 9023 805 1110 11.2 91 419 258 605
Ostreococcus lucimarinus CCE9901  E 7651 4344 57 40 5848 717 964 8.2 88 397 282 475
Ostreococcus tauri  E 7725 4062 53 38 5461 717 952 7.6 87 387 279 505
Micromonas sp. CCMP490  E 10475 5235 50 32 6952 754 526 9.2 89 425 271 526
Micromonas sp. RCC299  E 9815 5299 54 34 7148 771 524 9.3 89 451 280 572
Cyanidioschyzon merolae E 5013 3013 60 36 4189 701 972 6 83 503 303 385
Giardia lamblia  E 6487 2364 36 26 3329 415 183 8 88 429 305 181
Trypanosoma cruzi E 19626 8194 42 25 10723 612 818 17.5 94 497 292 366
Trypanosoma brucei E 8758 3637 42 25 4902 591 786 8.3 88 501 298 342
Leishmania major 100505 E 8280 3949 48 22 5299 610 810 8.7 88 633 295 345
Leishmania infantum JPCM5  E 8141 3819 47 22 5124 608 777 8.4 88 630 296 341
Leishmania braziliensis MHOM/BR/75/M2904  E 8287 3873 47 22 5138 606 777 8.5 88 623 293 342
Aureococcus anophagefferens  E 11501 7506 65 35 10160 745 492 13.6 93 522 279 668
Phytophthora ramorum 1.0 E 16066 8527 53 35 11957 759 1106 15.8 94 458 301 744
Phytophthora sojae 1.0 E 19276 9381 49 32 13640 745 1091 18.3 95 492 328 751
Phytophthora infestans T30-4  E 22658 8802 39 29 12359 773 1077 16 94 392 295 803
Phaeodactylum tricornutum  E 10025 5234 52 31 6799 732 998 9.3 89 461 278 478
Thalassiosira pseudonana E 11397 6420 56 48 7919 749 1087 10.6 91 261 224 442
Paramecium tetraurelia  E 39622 16911 43 26 23190 638 820 36.3 97 454 280 497
Tetrahymena thermophila 1 E 27424 10509 38 20 16129 670 902 24.1 96 604 322 505
Theileria parva 1 E 4079 1696 42 26 2338 492 613 4.8 79 465 286 234
Theileria annulata E 3795 1675 44 24 2334 488 612 4.8 79 534 294 229
Plasmodium falciparum 3D7 2.1 E 5405 2234 41 16 3001 556 691 5.4 81 751 286 243
Plasmodium vivax SaI-1  E 5352 2179 41 17 2992 562 692 5.3 81 682 289 254
Plasmodium knowlesi  E 5106 2180 43 17 2989 562 695 5.3 81 726 288 256
Plasmodium yoelii ssp. yoelii 1  E 6539 1996 31 18 2674 527 648 5.1 80 452 266 240
Plasmodium chabaudi  E 15007 2993 20 21 3588 544 655 6.6 85 194 205 226
Plasmodium berghei ANKA  E 12235 2714 22 22 3436 551 684 6.2 84 245 240 245
Cryptosporidium hominis E 3934 1584 40 25 2165 436 537 5 80 450 275 210
Cryptosporidium parvum Iowa II E 3805 1770 47 23 2492 465 562 5.4 81 597 298 226
Toxoplasma gondii RH  E 7793 3135 40 16 4438 622 333 7.1 86 719 295 328
Naegleria gruberi  E 15753 8211 52 31 10781 709 950 15.2 93 491 289 592
Trichomonas vaginalis  E 99319 21960 22 20 25444 551 305 46.2 98 285 256 365
Emiliania huxleyi CCMP1516  E 39125 17849 46 33 22140 827 529 26.8 96 341 247 910
New/updated genome Ostreococcus sp. RCC809  E 7773 4234 54 39 5616 719 497 7.8 87 383 275 467
New/updated genome Candidatus Phytoplasma mali B 479 297 62 57 456 218 101 2.1 52 318 294 116
Aster yellows witches-broom phytoplasma AYWB B 671 356 53 56 534 230 262 2.3 57 258 273 123
Onion yellows phytoplasma OY-M B 754 445 59 55 635 236 270 2.7 63 277 260 124
Acholeplasma laidlawii PG-8A B 1380 830 60 53 1197 407 234 2.9 66 327 289 210
Mesoplasma florum L1 B 682 450 66 53 657 287 338 2.3 56 359 290 140
Ureaplasma parvum ser. 3 ATCC 700970 B 614 354 58 44 509 255 286 2 50 372 282 110
Mycoplasma penetrans HF-2 B 1037 547 53 39 766 306 372 2.5 60 386 289 142
Mycoplasma mobile 163K B 633 399 63 50 587 274 314 2.1 53 371 295 131
New/updated genome Mycoplasma arthritidis 158L3-1 B 631 352 56 42 518 253 106 2 51 383 288 120
Mycoplasma agalactiae PG2 B 742 418 56 47 606 267 123 2.3 56 344 286 128
Mycoplasma synoviae 53 B 672 391 58 46 565 264 317 2.1 53 353 281 121
Mycoplasma pulmonis UAB CTIP B 782 438 56 43 629 279 130 2.3 56 371 287 127
Mycoplasma pneumoniae M129 B 689 378 55 45 545 263 307 2.1 52 348 284 122
Mycoplasma mycoides ssp. mycoides SC PG1 B 1016 555 55 48 770 293 155 2.6 62 324 285 143
Mycoplasma hyopneumoniae 232 B 691 383 55 42 554 246 290 2.3 56 388 297 115
Mycoplasma genitalium G37 B 477 334 70 55 496 254 292 2 49 368 291 117
Mycoplasma gallisepticum R B 726 416 57 41 598 282 321 2.1 53 401 287 127
Mycoplasma capricolum ssp. capricolum ATCC 27343 B 812 463 57 45 671 291 345 2.3 57 365 287 143
Leptospira borgpetersenii ser. Hardjo-bovis L550 B 2945 1695 58 49 2320 536 314 4.3 77 326 280 295
Leptospira interrogans ser. Lai 56601 B 4727 1946 41 45 2653 557 319 4.8 79 258 280 310
Leptospira biflexa ser. Patoc Patoc 1 (Paris) B 3391 1946 57 50 2721 559 316 4.9 79 328 285 308
Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols B 1036 577 56 50 874 373 432 2.3 57 339 305 187
Treponema denticola ATCC 35405 B 2767 1315 48 46 1860 489 598 3.8 74 313 304 278
Borrelia garinii PBi B 832 503 60 53 762 333 383 2.3 56 336 294 167
Borrelia afzelii PKo B 855 506 59 53 767 337 146 2.3 56 330 295 168
Borrelia burgdorferi B31 B 851 505 59 53 763 335 383 2.3 56 333 295 164
New/updated genome Borrelia turicatae 91E135 B 818 518 63 53 778 338 157 2.3 57 351 296 163
Rhodopirellula baltica SH 1 B 7325 2997 41 42 4255 610 801 7 86 315 321 437
Bifidobacterium longum NCC2705 B 1727 1121 65 56 1623 457 588 3.6 72 371 317 253
Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 B 1631 1067 65 56 1540 449 264 3.4 71 369 318 248
Acidothermus cellulolyticus 11B B 2157 1468 68 62 2125 558 357 3.8 74 338 307 333
Kineococcus radiotolerans SRS30216 B 4480 2733 61 56 3771 593 392 6.4 84 320 294 367
Frankia sp. CcI3 B 4499 2675 59 52 3679 589 775 6.2 84 341 299 376
Frankia alni ACN14a B 6711 3896 58 55 5380 604 421 8.9 89 322 304 432
Thermobifida fusca YX B 3110 1978 64 58 2819 581 391 4.9 79 331 304 371
Streptomyces avermitilis MA-4680 B 7577 4702 62 56 6816 670 935 10.2 90 342 306 503
Streptomyces griseus ssp. griseus NBRC 13350 B 7136 4495 63 57 6563 656 469 10 90 351 315 513
Streptomyces coelicolor A3(2) B 7769 4854 62 56 6888 670 501 10.3 90 330 297 537
Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 B 7197 4582 64 59 6547 655 467 10 90 322 301 464
Nocardioides sp. JS614 B 4645 3027 65 59 4271 617 405 6.9 86 326 296 395
Propionibacterium acnes KPA171202 B 2297 1449 63 58 2047 530 688 3.9 74 332 305 306
Salinispora arenicola CNS-205 B 4917 3078 63 58 4423 615 397 7.2 86 337 310 418
Salinispora tropica CNB-440 B 4536 2919 64 58 4100 597 396 6.9 85 335 303 416
Rhodococcus sp. RHA1 B 7211 4731 66 62 6831 623 468 11 91 328 313 436
Nocardia farcinica IFM 10152 B 5683 3465 61 58 4911 605 823 8.1 88 318 301 411
Mycobacterium sp. MCS B 5391 3572 66 60 4909 609 836 8.1 88 328 297 408
Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis K-10 B 4350 2893 67 60 4088 575 397 7.1 86 338 306 380
Mycobacterium vanbaalenii PYR-1 B 5979 3805 64 57 5277 618 448 8.5 88 330 298 425
Mycobacterium tuberculosis H37Rv B 3989 2375 60 54 3393 586 403 5.8 83 335 304 378
Mycobacterium bovis AF2122/97 B 3920 2344 60 55 3367 585 791 5.8 83 334 305 381
Mycobacterium abscessus B 4920 2986 61 58 4191 578 410 7.3 86 317 301 378
Mycobacterium ulcerans Agy99 B 4160 2470 59 55 3472 582 399 6 83 325 299 379
Mycobacterium gilvum PYR-GCK B 5241 3428 65 59 4721 613 435 7.7 87 330 296 406
Mycobacterium marinum M B 5423 3351 62 55 5000 608 436 8.2 88 366 327 434
Mycobacterium smegmatis MC2 155 B 6716 4339 65 62 5963 617 449 9.7 90 315 302 421
Mycobacterium leprae TN B 1605 1014 63 61 1542 483 322 3.2 69 335 325 272
Corynebacterium efficiens YS-314 B 2950 1724 58 54 2411 554 724 4.4 77 325 299 322
Corynebacterium urealyticum DSM 7109 B 2024 1261 62 55 1793 503 321 3.6 72 349 308 278
Corynebacterium jeikeium K411 B 2104 1323 63 56 1905 503 655 3.8 74 348 311 292
Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 Kitasato B 2993 1791 60 55 2493 555 732 4.5 78 317 294 320
Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 B 2272 1315 58 55 1895 525 679 3.6 72 320 302 291
Leifsonia xyli ssp. xyli CTCB07 B 2030 1276 63 61 1798 498 643 3.6 72 297 286 258
Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis NCPPB 382 B 2984 1957 66 60 2697 544 338 5 80 330 301 324
Tropheryma whipplei Twist B 808 546 68 64 838 368 447 2.3 56 329 310 190
New/updated genome Kocuria rhizophila DC2201 B 2357 1562 66 60 2220 540 358 4.1 76 337 306 315
Arthrobacter sp. FB24 B 4146 2750 66 61 3874 603 420 6.4 84 337 308 408
Arthrobacter aurescens TC1 B 4041 2664 66 60 3719 597 395 6.2 84 334 304 374
Renibacterium salmoninarum ATCC 33209 B 3507 2195 63 61 2925 542 356 5.4 81 270 264 327
Rubrobacter xylanophilus DSM 9941 B 3140 2169 69 65 3022 587 763 5.1 81 314 296 347
Petrotoga mobilis SJ95 B 1898 1252 66 60 1782 515 338 3.5 71 338 306 290
Fervidobacterium nodosum Rt17-B1 B 1750 1128 64 56 1603 496 319 3.2 69 334 291 270
Thermosipho melanesiensis BI429 B 1879 1158 62 56 1627 502 322 3.2 69 310 283 273
Thermotoga lettingae TMO B 2040 1383 68 61 1932 518 348 3.7 73 328 296 290
New/updated genome Thermotoga sp. RQ2 B 1819 1241 68 62 1771 510 390 3.5 71 324 297 297
Thermotoga petrophila RKU-1 B 1785 1227 69 64 1755 508 393 3.5 71 322 297 298
Thermotoga maritima MSB8 B 1858 1233 66 62 1757 511 684 3.4 71 315 295 300
Dehalococcoides sp. CBDB1 B 1458 928 64 63 1370 446 530 3.1 67 286 284 233
Dehalococcoides ethenogenes 195 B 1580 967 61 62 1395 442 525 3.2 68 278 280 229
Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779 B 4976 3136 63 55 4774 644 430 7.4 87 373 325 479
Roseiflexus sp. RS-1 B 4517 2795 62 53 4041 630 432 6.4 84 363 313 439
Roseiflexus castenholzii DSM 13941 B 4330 2787 64 56 4017 633 432 6.3 84 361 312 436
Chloroflexus aurantiacus J-10-fl B 3853 2521 65 57 3723 623 429 6 83 365 315 429
New/updated genome Sulfurihydrogenibium