SUPERFAMILY 1.73 HMM library and genome assignments server

  Home > Genomic domain assignment statistics

SUPERFAMILY Assignments for Genomes and Sequence Collections

We provide assignments for 1365 distinct organisms.

Model Eukaryotes (251) animals (89), fungi (101), plants (25) and protists (36)
Model Prokaryotes (722) model bacteria (652) and archaea (70)
Eukaryote strains (24);
Prokaryote strains (368) 		animals (2), fungi (19), plants (1) and protists (2);
bacterial (359) and archaeal (9)
Longest transcript per gene (56) eukaryote genomes with splice variants removed
Others (13);
Sequence collections (5) 		incomplete, low coverage or early release genomes;
UniProt, PDB, viral sequences etc
(show info)

Email superfamily@mrc-lmb.cam.ac.uk to have a genome added and/or analysed.

Eukaryotes
(show help)
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Homo sapiens 49_36k (all transcripts) E 46591 30712 66 41 64225 1056 1299 60.8 98 505 312 13785604
Pan troglodytes 49_21h (all transcripts) E 33137 21709 66 41 45312 1045 1276 43.4 98 503 314 13415196
Gorilla gorilla 52_1 (all transcripts) E 16782 11231 67 37 21208 987 1110 21.5 95 535 299 10763933
Pongo pygmaeus 49_1 (all transcripts) E 23409 15489 66 41 31089 1042 1258 29.8 97 497 309 12784453
Macaca mulatta 49_10h (all transcripts) E 36384 24355 67 41 48417 1052 1278 46 98 480 296 13195440
Callithrix jacchus 56_3 (all transcripts) E 41941 28547 68 40 58578 1045 1275 56.1 98 520 309 13695746
Otolemur garnettii 49_1c (all transcripts) E 15448 10483 68 38 19713 965 1070 20.4 95 541 304 10883793
Microcebus murinus 49_1 (all transcripts) E 16319 11105 68 39 21224 989 1146 21.5 95 541 306 11343936
Tarsius syrichta 51_1 (all transcripts) E 13561 9238 68 38 17929 934 1023 19.2 95 544 304 10323507
Rattus norvegicus 49_34s (all transcripts) E 32948 23088 70 43 43189 1039 1265 41.6 98 492 302 13024977
Mus musculus 49_37b (all transcripts) E 39665 26987 68 42 53539 1054 1295 50.8 98 503 309 13605167
Spermophilus tridecemlineatus 49_1e (all transcripts) E 14830 9948 67 37 18280 969 1039 18.9 95 537 300 10483629
Dipodomys ordii 51_1 (all transcripts) E 15750 10967 70 39 20801 1003 1148 20.7 95 562 313 11703900
Cavia porcellus 51_3 (all transcripts) E 19774 14139 72 43 26512 1045 1266 25.4 96 522 312 12604182
Oryctolagus cuniculus 49_1f (all transcripts) E 15438 10414 67 38 18779 948 1073 19.8 95 517 291 10483633
Ochotona princeps 49_1 (all transcripts) E 15843 10899 69 39 20729 997 1139 20.8 95 548 309 11343880
Tupaia belangeri 49_1d (all transcripts) E 15462 10477 68 38 19113 972 1092 19.7 95 527 296 10893662
Sus scrofa 56_9 (all transcripts) E 19082 13058 68 43 23298 986 1144 23.6 96 457 288 11113864
Bos taurus 49_3f (all transcripts) E 27694 18751 68 42 36189 1042 1272 34.7 97 501 308 12784686
Vicugna pacos 51_1 (all transcripts) E 11704 7963 68 38 14748 916 993 16.1 94 536 301 9603154
Tursiops truncatus 51_1 (all transcripts) E 16492 11494 70 39 23236 1026 1223 22.6 96 572 320 12324119
Canis familiaris 49_2g (all transcripts) E 25558 18341 72 43 33636 1042 1273 32.3 97 505 306 13034628
Felis catus 49_1c (all transcripts) E 14843 9993 67 42 18561 967 1064 19.2 95 452 283 12063689
Equus caballus 49_2 (all transcripts) E 22748 15979 70 42 34094 1027 1243 33.2 97 557 335 12674274
Myotis lucifugus 49_1e (all transcripts) E 16232 11114 68 38 20935 1005 1127 20.8 95 538 299 11213892
Pteropus vampyrus 51_1 (all transcripts) E 16930 11839 70 39 23263 1024 1224 22.7 96 566 317 12264103
Sorex araneus 49_1c (all transcripts) E 13192 9130 69 39 16252 941 1008 17.3 94 526 293 9903292
Erinaceus europaeus 49_1c (all transcripts) E 14592 9986 68 38 18155 960 1056 18.9 95 541 302 10673580
Procavia capensis 51_1 (all transcripts) E 16003 11025 69 38 21280 997 1154 21.3 95 564 312 11713989
Loxodonta africana 49_1d (all transcripts) E 15717 10699 68 39 19466 964 1053 20.2 95 516 293 10173655
Echinops telfairi 49_1e (all transcripts) E 16562 11104 67 38 20433 981 1107 20.8 95 522 296 10813814
Dasypus novemcinctus 49_1f (all transcripts) E 15539 10401 67 38 18404 945 997 19.5 95 491 280 9593411
Macropus eugenii 55_1 (all transcripts) E 15342 10949 71 40 20326 996 1084 20.4 95 557 309 11253816
Monodelphis domestica 49_5d (all transcripts) E 32557 24684 76 47 71566 1041 1232 68.7 99 574 357 13145295
Ornithorhynchus anatinus 49_1f (all transcripts) E 26836 18516 69 44 32536 982 1103 33.1 97 445 282 10934340
Taeniopygia guttata 57_1c (all transcripts) E 18191 12261 67 43 22950 998 1134 23 96 449 289 11643946
Meleagris gallopavo 57_2 (all transcripts) E 17210 11399 66 41 21041 992 1132 21.2 95 479 297 11513911
Gallus gallus 49_2g (all transcripts) E 22195 14376 65 42 28346 1002 1144 28.3 96 489 314 12124136
Xenopus laevis  E 31040 23166 75 47 37763 961 1093 39.3 97 429 270 9222961
Xenopus tropicalis 49_41i (all transcripts) E 27711 20033 72 46 39067 1073 1215 36.4 97 506 320 12714699
Danio rerio 49_7c (all transcripts) E 31743 23120 73 47 44435 1008 1135 44.1 98 470 305 11924470
Gasterosteus aculeatus 49_1f (all transcripts) E 27577 19642 71 46 37240 1032 1156 36.1 97 494 318 12884605
Oryzias latipes 49_1e (all transcripts) E 24661 17302 70 45 32868 1019 1126 32.3 97 486 312 12334390
Tetraodon nigroviridis 49_1k (all transcripts) E 27991 16091 57 40 28906 1018 1096 28.4 96 404 281 13445172
Takifugu rubripes 49_4i (all transcripts) E 47841 38308 80 45 87201 1034 1149 84.3 99 633 359 13876110
Anolis carolinensis 55_1a (all transcripts) E 17672 12584 71 46 24941 1011 1166 24.7 96 462 301 11913989
Branchiostoma floridae 1.0 E 50817 33489 66 42 65189 1024 1034 63.7 98 451 290 19827321
Ciona savignyi 49_2f (all transcripts) E 20143 12669 63 47 28264 855 811 33.1 97 481 360 9493515
Ciona intestinalis 49_2i (all transcripts) E 19858 11936 60 44 22129 860 823 25.7 96 419 309 9753507
Strongylocentrotus purpuratus  E 42420 27121 64 43 49252 981 913 50.2 98 427 290 13354572
Helobdella robusta  E 23432 11411 49 32 16940 944 837 17.9 94 375 247 8733206
Capitella sp. I  E 32415 17177 53 39 25903 1084 1040 23.9 96 355 262 12184179
Bombyx mori  E 21302 8821 41 35 12331 867 704 14.2 93 277 231 8212839
Nasonia vitripennis  E 9254 6675 72 42 11212 895 798 12.5 92 566 329 9182570
Apis mellifera 37.2d (all transcripts) E 27755 15889 57 47 27473 928 777 29.6 97 361 299 8713312
Drosophila grimshawi 1.3 E 14986 8224 55 33 13771 926 841 14.9 93 495 302 8922840
Drosophila willistoni 1.3 E 15513 8139 52 33 13494 927 846 14.6 93 487 304 8882841
Drosophila pseudoobscura 2.3 E 16071 8277 52 32 13823 930 838 14.9 93 478 301 8882875
Drosophila persimilis 1.3 E 16878 8408 50 33 13234 921 824 14.4 93 427 283 8622882
Drosophila yakuba 1.3 E 16082 8214 51 33 13605 924 844 14.7 93 469 303 8722845
Drosophila simulans 1.3 E 15415 7662 50 34 11833 905 779 13.1 92 410 279 8162732
Drosophila sechellia 1.3 E 16471 8536 52 34 13554 924 826 14.7 93 434 281 8672863
Drosophila melanogaster Ensembl 49_54 (all transcripts) E 20815 12764 61 35 24122 942 857 25.6 96 572 324 9003127
Drosophila erecta 1.3 E 15048 8007 53 33 13356 926 841 14.4 93 484 302 8662789
Drosophila ananassae 1.3 E 15070 8095 54 33 13444 925 840 14.5 93 489 302 8932834
Drosophila virilis 1.2 E 14491 7917 55 33 13301 927 850 14.3 93 499 303 8692797
Drosophila mojavensis 1.3 E 14595 7766 53 33 13032 926 846 14.1 93 493 304 8562792
Aedes aegypti 49_1b (all transcripts) E 16789 10241 61 39 16839 924 844 18.2 95 457 289 8892997
Culex pipiens quinquefasciatus  E 18883 10798 57 36 16970 930 817 18.2 95 436 272 9073217
Anopheles gambiae 49_3j (all transcripts) E 13133 8084 62 39 13803 936 833 14.7 93 474 300 8812855
Tribolium castaneum 3.0 E 16422 8484 52 37 14964 945 873 15.8 94 466 331 10793174
Pediculus humanus corporis  E 10773 6440 60 36 11300 940 830 12 92 514 307 9512780
Acyrthosiphon pisum  E 10466 7081 68 43 12299 899 797 13.7 93 514 323 8802648
Ixodes scapularis  E 20486 9591 47 40 14012 933 807 15 93 284 244 8762908
Daphnia pulex  E 30940 11768 38 31 17597 986 891 17.8 94 325 266 10353308
Pristionchus pacificus  E 29644 10806 36 31 14849 858 648 17.3 94 287 247 8282945
Meloidogyne incognita  E 20359 8696 43 32 12750 783 600 16.3 94 354 267 6932509
Meloidogyne hapla  E 14421 5937 41 32 8663 826 628 10.5 90 348 268 6682279
Brugia malayi  E 7851 3642 46 35 5521 696 480 7.9 87 341 256 4911670
Caenorhabditis japonica  E 19505 8890 46 34 13190 878 694 15 93 382 288 8122774
Caenorhabditis brenneri  E 26240 8106 31 23 11756 807 615 14.6 93 367 273 6592267
Caenorhabditis remanei  E 31641 12785 40 30 18998 942 764 20.2 95 399 294 9393193
Caenorhabditis elegans Ensembl 49_180a (all transcripts) E 26902 14333 53 37 23396 904 756 25.9 96 438 308 8752983
Caenorhabditis briggsae 2 E 21977 9655 44 33 14872 901 739 16.5 94 397 298 8812896
Schistosoma mansoni  E 13191 6670 51 30 10196 848 638 12 92 447 267 7262552
Nematostella vectensis 1.0 E 27273 15364 56 44 23570 1037 984 22.7 96 330 255 12413955
Hydra magnipapillata  E 17398 10132 58 38 15677 959 838 16.3 94 424 276 10663352
Trichoplax adhaerens  E 11520 7680 67 45 12622 925 802 13.6 93 453 309 8922769
Lottia gigantea  E 23851 12265 51 38 20036 988 938 20.3 95 378 278 10913614
Proterospongia sp. ATCC 50818  E 11590 6879 59 31 11581 880 625 13.2 92 628 326 9132896
Monosiga brevicollis  E 9196 5790 63 35 9510 855 630 11.1 91 598 330 8742564
Capsaspora owczarzaki ATCC 30864  E 8381 5467 65 35 8924 887 719 10.1 90 623 332 8142513
Candida dubliniensis CD36  E 5868 3536 60 36 4900 763 577 6.4 84 507 304 4531537
Candida tropicalis MYA-3404  E 6258 3650 58 36 4997 745 560 6.7 85 484 299 4501523
Candida parapsilosis  E 5733 3483 61 37 4800 735 558 6.5 85 510 307 4481497
Candida albicans SC5314 E 6165 3636 59 36 4968 757 563 6.6 85 479 294 4441559
Yarrowia lipolytica CLIB122 E 6448 3853 60 38 5372 759 597 7.1 86 487 310 4871590
Candida lusitaniae ATCC 42720  E 5941 3316 56 36 4585 742 557 6.2 84 462 299 4561506
Vanderwaltozyma polyspora DSM 70294  E 5345 3191 60 35 4466 719 567 6.2 84 504 299 4161430
Candida glabrata CBS138 E 5202 3155 61 37 4467 729 592 6.1 84 507 306 4371460
Kluyveromyces thermotolerans CBS 6340 E 5092 3163 62 39 4424 733 595 6 83 491 306 4411465
Lachancea kluyveri  E 5321 3272 61 38 4588 742 609 6.2 84 497 306 4451485
Kluyveromyces waltii E 5214 3105 60 38 4299 720 587 6 83 464 300 4271431
Lodderomyces elongisporus NRRL YB-4239  E 5799 3354 58 34 4612 740 554 6.2 84 509 301 4321512
Ashbya gossypii ATCC 10895  E 4717 2907 62 38 4102 729 569 5.6 82 490 305 4361432
Debaromyces hansenii E 6272 3681 59 38 5087 771 593 6.6 85 479 307 4651542
Zygosaccharomyces rouxii  E 4991 3084 62 38 4334 735 600 5.9 83 496 306 4371442
Saccharomyces mikatae MIT E 10315 3604 35 33 4879 735 603 6.6 85 293 279 4371541
Saccharomyces paradoxus MIT E 10559 3490 33 32 4860 729 615 6.7 85 304 296 4281505
Saccharomyces cerevisiae SGD E 6717 3530 53 36 4989 745 634 6.7 85 450 307 4461513
Saccharomyces bayanus MIT E 11996 3574 30 31 4843 723 604 6.7 85 273 282 4201527
Candida guilliermondii ATCC 6260  E 11124 5700 51 34 8144 833 631 9.8 90 493 326 6092126
Pichia stipitis CBS 6054  E 5839 3609 62 39 4955 755 570 6.6 85 492 306 4431520
Pichia pastoris GS115  E 5040 3105 62 40 4385 751 566 5.8 83 476 306 4571450
Kluyveromyces lactis E 5076 3094 61 38 4343 730 593 5.9 83 485 306 4281447
Schizosaccharomyces octosporus yFS286  E 4925 3134 64 42 4517 728 539 6.2 84 464 307 4721410
Schizosaccharomyces japonicus yFS275  E 4814 3059 64 42 4416 719 524 6.1 84 468 306 4691415
Schizosaccharomyces pombe E 5021 3222 64 42 4649 740 561 6.3 84 471 311 4811435
Magnaporthe grisea 70-15  E 11043 5872 53 36 8251 846 671 9.8 90 481 325 5842058
Podospora anserina  E 10614 5784 54 34 8082 862 677 9.4 89 497 314 5912100
Sporotrichum thermophile ATCC 42464  E 8806 4839 55 36 6808 834 658 8.2 88 478 315 5531930
Thielavia terrestris NRRL 8126  E 9815 5204 53 36 7265 833 666 8.7 89 465 314 5831970
Chaetomium globosum CBS 148.51  E 11124 5700 51 34 8144 833 631 9.8 90 493 326 6092126
Neurospora tetrasperma  E 10640 4724 44 30 6618 828 667 8 87 461 314 5481924
Neurospora discreta FGSC 8579  E 9948 4630 47 31 6492 832 662 7.8 87 468 314 5381923
Neurospora crassa OR74A  E 9825 4753 48 31 6642 838 670 7.9 87 486 313 5521928
Cryphonectria parasitica  E 11184 6210 56 38 8508 852 683 10 90 464 322 5712053
Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici 4286  E 17608 9285 53 39 12333 864 715 14.3 93 411 304 6492262
Nectria haematococca mpVI  E 15707 9256 59 39 12361 869 721 14.2 93 479 317 6402238
Fusarium verticillioides 7600  E 14175 7618 54 40 10236 867 715 11.8 92 420 311 6132178
Fusarium graminearum  E 13321 6899 52 37 9515 872 719 10.9 91 446 319 6152147
Trichoderma atroviride  E 11100 6537 59 39 8951 848 674 10.6 91 471 315 5952055
Trichoderma reesei 1.2 E 9129 5444 60 39 7614 847 667 9 89 491 319 5801957
Trichoderma virens Gv29-8  E 11643 7002 60 41 9777 861 682 11.4 91 478 322 6192108
Verticillium dahliae VdLs.17  E 10535 5875 56 37 7984 850 666 9.4 89 473 311 5782044
Verticillium albo-atrum VaMs.102  E 10220 5550 54 37 7397 831 598 8.9 89 437 300 5331955
Ajellomyces dermatitidis SLH14081  E 9555 4568 48 33 6321 829 626 7.6 87 449 309 5251864
Histoplasma capsulatum class NAmI strain WU24  E 9248 4244 46 32 5803 796 584 7.3 86 426 300 5121792
Microsporum gypseum  E 8876 4712 53 36 6768 820 613 8.3 88 475 324 5471864
Arthroderma benhamiae CBS 112371  E 7980 4344 54 36 6207 789 588 7.9 87 493 322 5151809
Microsporum canis CBS 113480  E 8765 4850 55 37 6960 828 625 8.4 88 486 326 5521897
Trichophyton equinum CBS 127.97  E 8560 4450 52 36 6292 812 602 7.7 87 458 317 5311812
Trichophyton verrucosum HKI 0517  E 8024 4338 54 36 6175 787 589 7.8 87 488 321 5151782
Trichophyton tonsurans CBS 112818  E 8230 4500 55 36 6355 815 601 7.8 87 476 317 5221818
Trichophyton rubrum CBS 118892  E 8625 4569 53 36 6461 824 619 7.8 87 462 316 5291850
Paracoccidioides brasiliensis Pb18  E 8741 4083 47 32 5697 808 595 7.1 86 448 308 5101812
Coccidioides posadasii RMSCC 3488  E 9897 4528 46 34 6328 820 625 7.7 87 415 311 5241816
Coccidioides immitis RS  E 10352 4549 44 33 6347 819 624 7.7 87 408 311 5171815
Uncinocarpus reesii 1704  E 7798 4299 55 37 6106 800 599 7.6 87 478 317 5291814
Aspergillus fumigatus Af293 E 9887 5869 59 39 8260 850 698 9.7 90 487 324 6202061
Neosartorya fischeri NRRL 181  E 10407 6320 61 40 8890 857 711 10.4 90 488 325 6162088
Penicillium chrysogenum Wisconsin 54-1255  E 12788 6711 52 37 9264 847 705 10.9 91 449 318 5932052
Penicillium marneffei ATCC 18224  E 10638 6635 62 40 9350 845 700 11.1 91 503 321 6162110
Aspergillus carbonarius ITEM 5010  E 10238 6597 64 42 9295 848 702 11 91 503 331 6142066
Aspergillus terreus NIH2624  E 10406 6427 62 42 9290 846 691 11 91 499 338 6862212
Aspergillus oryzae RIB40  E 12063 7204 60 44 9936 817 696 12.2 92 449 328 6112093
Aspergillus niger ATCC 1015  E 8592 5219 61 42 7253 707 497 10.3 90 487 335 4541604
Aspergillus flavus NRRL3357  E 12587 7411 59 43 10492 865 710 12.1 92 459 333 7122321
Aspergillus clavatus NRRL 1  E 9120 5517 60 40 7876 843 694 9.3 89 494 325 5901985
Aspergillus nidulans FGSC A4  E 10665 6334 59 40 8956 852 702 10.5 90 481 327 6122118
Botrytis cinerea B05.10  E 16448 5971 36 32 8007 820 623 9.8 90 334 297 5582034
Sclerotinia sclerotiorum  E 14522 5581 38 33 7670 828 657 9.3 89 362 309 5702007
Alternaria brassicicola  E 10688 5356 50 35 7388 815 651 9.1 89 443 306 5732070
Pyrenophora tritici-repentis  E 12169 5919 49 34 8222 848 680 9.7 90 449 317 5912095
Cochliobolus heterostrophus  E 9633 5906 61 42 8245 844 703 9.8 90 473 325 5782038
Stagonospora nodorum  E 16597 6949 42 33 9370 854 688 11 91 389 307 5872209
Mycosphaerella fijiensis CIRAD86  E 10313 5585 54 39 7585 826 664 9.2 89 434 310 5531894
Mycosphaerella graminicola IPO323  E 11395 5774 51 37 7849 843 677 9.3 89 430 312 5571963
Tuber melanosporum Vittad  E 12826 6800 53 44 9738 820 638 11.9 92 370 307 5781986
Malassezia globosa CBS 7966  E 4286 2752 64 40 3870 715 491 5.4 82 483 297 4291388
Ustilago maydis  E 6522 3828 59 31 5492 789 599 7 86 612 319 5011746
Puccinia graminis f. sp. tritici CRL 75-36-700-3  E 20566 5113 25 19 6690 763 509 8.8 89 368 282 4541723
Melampsora laricis-populina  E 16694 4890 29 22 6352 790 571 8 88 377 280 4781740
Sporobolomyces roseus IAM 13481  E 5536 3411 62 34 4848 763 583 6.4 84 564 313 4571573
Serpula lacrymans var. lacrymans S7.9  E 12917 5119 40 36 6918 804 618 8.6 88 338 305 5181786
Coprinopsis cinerea okayama7 130  E 13544 6146 45 31 8429 818 611 10.3 90 450 307 6032050
Pleurotus ostreatus  E 11603 5977 52 35 7989 829 649 9.6 90 444 303 5601942
Laccaria bicolor S238N-H82  E 20614 7162 35 26 9344 825 625 11.3 91 366 277 5512064
Agaricus bisporus var. bisporus  E 10438 5254 50 36 7069 804 635 8.8 89 425 303 5471807
Schizophyllum commune  E 13181 6267 48 31 8208 829 657 9.9 90 445 293 5451926
Heterobasidion annosum  E 12270 5306 43 34 7103 830 652 8.6 88 382 298 5411850
Phanerochaete chrysosporium RP-78 2.1 E 10048 5696 57 37 7613 787 632 9.7 90 454 300 5231813
Postia placenta  E 17173 8830 51 34 11854 822 628 14.4 93 458 302 6202265
Tremella mesenterica  E 8313 3787 46 29 5220 785 563 6.6 85 465 299 4701657
Cryptococcus neoformans JEC21  E 5882 3600 61 35 5006 749 526 6.7 85 535 309 4321555
Encephalitozoon intestinalis  E 1832 1058 58 44 1389 386 146 3.6 72 356 271 158563
Encephalitozoon cuniculi E 1996 1059 53 40 1401 384 149 3.6 73 359 274 166566
Spizellomyces punctatus DAOM BR117  E 8804 5197 59 35 7655 854 680 9 89 519 310 6982194
Batrachochytrium dendrobatidis JEL423  E 8793 4309 49 30 5987 772 569 7.8 87 471 291 5381761
Allomyces macrogynus ATCC 38327  E 17600 9606 55 32 13206 803 600 16.4 94 510 298 6192432
Rhizopus oryzae RA 99-880  E 17467 7893 45 39 11097 798 630 13.9 93 342 293 6282148
Phycomyces blakesleeanus  E 14792 6536 44 33 9127 817 659 11.2 91 391 287 5901958
Mucor circinelloides  E 10930 6568 60 41 9109 820 674 11.1 91 424 292 5871983
Dictyostelium discoideum E 13459 6668 50 31 10055 846 615 11.9 92 526 324 7002383
Dictyostelium purpureum  E 12410 6623 53 34 9732 824 600 11.8 92 482 310 6982286
Entamoeba dispar  E 8748 4757 54 38 6439 539 291 11.9 92 408 284 3621304
Entamoeba invadens  E 11549 6369 55 37 9386 539 295 17.4 94 449 299 3661435
Entamoeba histolytica 1 E 9772 5009 51 38 6776 545 292 12.4 92 389 286 3441273
Arabidopsis lyrata  E 32670 17535 54 41 24061 911 786 26.4 96 360 277 8743103
Arabidopsis thaliana 9 (all transcripts) E 33410 19995 60 42 27998 925 797 30.3 97 402 285 8363051
Carica papaya  E 28589 12129 42 37 15714 889 705 17.7 94 292 255 7512818
Medicago truncatula   E 44304 16860 38 39 22845 835 649 27.4 96 263 273 6932670
Glycine max  E 46384 29214 63 43 40235 921 797 43.7 98 420 289 8893494
Populus trichocarpa 1.1 E 45555 25640 56 45 33863 1031 898 32.8 97 329 261 9703673
Vitis vinifera  E 30434 17309 57 45 23816 913 770 26.1 96 367 288 9313299
Cucumis sativus  E 32528 20307 62 43 28218 910 784 31 97 416 286 8152991
Brachypodium distachyon  E 32255 19955 62 41 27389 919 777 29.8 97 427 284 8933171
Oryza sativa ssp. japonica 5.0 E 66710 31674 47 36 47425 923 776 51.4 98 448 344 9483709
Zea mays subsp. mays  E 53764 29749 55 40 38531 911 765 42.3 98 344 251 9813825
Sorghum bicolor  E 34496 18503 54 37 24989 913 758 27.4 96 407 282 9213319
Selaginella moellendorffii  E 34697 20345 59 43 27455 924 767 29.7 97 391 287 8813061
Physcomitrella patens subsp. patens  E 35938 13351 37 29 18316 946 801 19.4 95 362 279 8312887
Coccomyxa sp. C-169  E 9629 5423 56 40 7637 835 655 9.1 89 426 302 6542093
Chlorella sp. NC64A  E 9791 6152 63 38 8271 862 624 9.6 90 455 276 6682236
Chlorella vulgaris  E 9994 5560 56 40 7670 845 650 9.1 89 402 292 6482105
Volvox carteri f. nagariensis  E 15544 6996 45 23 9504 896 646 10.6 91 557 284 6942525
Chlamydomonas reinhardtii 4.0 E 16706 7300 44 24 9691 883 634 11 91 496 275 6522395
Ostreococcus sp. RCC809  E 7773 4512 58 42 6028 798 558 7.6 87 383 274 5171722
Ostreococcus lucimarinus CCE9901  E 7651 4605 60 43 6257 795 555 7.9 87 397 282 5311745
Ostreococcus tauri  E 7725 4294 56 40 5866 798 540 7.4 86 387 281 5661784
Micromonas sp. RCC299  E 9815 5637 57 36 7607 852 598 8.9 89 451 280 6392119
Micromonas pusilla CCMP1545  E 10475 5601 53 34 7462 837 597 8.9 89 425 271 5862105
Cyanidioschyzon merolae E 5014 3150 63 38 4426 773 533 5.7 83 503 302 4391514
Babesia bovis T2Bo  E 3706 1801 49 28 2509 535 269 4.7 79 501 285 275957
Theileria parva   E 4079 1812 44 27 2497 534 255 4.7 79 465 285 255934
Theileria annulata E 3795 1794 47 26 2505 527 259 4.8 79 534 295 257929
Plasmodium falciparum 3D7  E 5460 2469 45 19 3551 615 307 5.8 83 748 313 2801188
Plasmodium vivax SaI-1  E 5432 2373 44 18 3259 619 314 5.3 81 694 287 2891191
Plasmodium knowlesi strain H  E 5185 2350 45 18 3226 623 310 5.2 81 720 285 2941173
Plasmodium yoelii ssp. yoelii 1  E 7861 2452 31 19 3253 609 301 5.3 81 432 270 2881151
Plasmodium chabaudi  E 15007 3287 22 23 3928 596 271 6.6 85 194 203 2481266
Plasmodium berghei ANKA  E 12235 2915 24 23 3705 608 304 6.1 84 245 237 2741277
Cryptosporidium hominis E 3934 1698 43 26 2326 480 229 4.8 79 450 275 241878
Cryptosporidium muris E 3934 2022 51 26 2864 527 283 5.4 82 586 297 275979
Cryptosporidium parvum Iowa II E 3805 1899 50 25 2714 510 269 5.3 81 597 300 260941
Neospora caninum Nc-Liverpool  E 7082 3498 49 17 5082 676 367 7.5 87 853 296 3661508
Neospora caninum E 5587 2980 53 17 4555 654 361 7 86 984 317 3711496
Toxoplasma gondii ME49 E 7993 3422 43 17 4860 688 375 7.1 86 744 294 3711503
Paramecium tetraurelia  E 39572 17978 45 29 25180 704 412 35.8 97 454 285 5792426
Tetrahymena thermophila SB210 1  E 24725 11284 46 23 17401 721 412 24.1 96 649 331 6022614
Trypanosoma cruzi strain CL Brener E 19607 8585 44 27 11367 672 399 16.9 94 498 302 4181749
Trypanosoma brucei E 8758 3930 45 27 5340 646 379 8.3 88 501 303 3781432
Leishmania mexicana  E 8041 3997 50 23 5361 668 388 8 88 635 296 3761495
Leishmania major strain Friedlin  E 8302 4144 50 24 5586 668 389 8.4 88 631 298 3831501
Leishmania infantum JPCM5  E 8173 4057 50 23 5477 669 382 8.2 88 629 297 3811511
Leishmania braziliensis MHOM/BR/75/M2904  E 8078 3993 49 23 5335 666 383 8 88 622 294 3771509
Aureococcus anophagefferens  E 11501 7868 68 37 10830 808 559 13.4 93 522 284 7832492
Phytophthora ramorum 1.1 E 15743 8815 56 37 12783 847 640 15.1 93 475 314 8982731
Phytophthora sojae 1.1 E 19027 9882 52 35 14645 835 625 17.5 94 498 336 9062851
Phytophthora infestans T30-4  E 22658 9674 43 32 13605 858 637 15.9 94 392 293 8742788
Phytophthora capsici  E 17414 8939 51 39 12631 924 726 13.7 93 381 292 10802788
Phaeodactylum tricornutum  E 10402 5798 56 34 7559 810 569 9.3 89 461 279 5261881
Fragilariopsis cylindrus  E 27137 11627 43 27 14516 846 568 17.2 94 408 259 5832421
Thalassiosira pseudonana E 11776 6249 53 29 8183 826 588 9.9 90 496 270 5622034
Giardia lamblia  E 4889 2425 50 28 3414 436 198 7.8 87 545 310 188862
Guillardia theta E 598 355 59 50 469 189 97 2.5 60 299 250 62208
Naegleria gruberi  E 15753 8640 55 33 11544 782 536 14.8 93 491 294 6832387
Emiliania huxleyi CCMP1516  E 39125 19065 49 36 23842 910 591 26.2 96 340 248 10583619
Trichomonas vaginalis  E 97883 24906 25 23 29479 609 323 48.4 98 287 265 4071700

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains ]

Prokaryotes
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Escherichia fergusonii ATCC 35469 B 4266 2801 66 61 4068 796 984 5.1 80 319 295 5181202
Escherichia coli K-12 subMG1655 B 4149 2862 69 65 4180 796 1002 5.3 81 317 297 5241186
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Typhimurium LT2 B 4423 2982 67 62 4290 793 972 5.4 82 315 292 5071196
Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 B 3901 2547 65 59 3750 766 863 4.9 80 334 304 4821137
Yersinia pestis CO92 B 3885 2559 66 61 3735 760 842 4.9 80 319 298 4701115
Yersinia enterocolitica ssp. enterocolitica 8081 B 3979 2715 68 63 3971 779 884 5.1 80 322 296 5021169
Shigella sonnei Ss046 B 4219 2812 67 63 3984 792 980 5 80 306 289 5091165
Shigella flexneri 2a 2457T B 4061 2625 65 63 3709 764 938 4.9 79 291 285 4941104
Shigella dysenteriae Sd197 B 4271 2453 57 61 3480 745 907 4.7 79 262 279 4671066
Shigella boydii Sb227 B 4134 2633 64 62 3742 768 946 4.9 79 292 286 4951122
Pectobacterium wasabiae WPP163 B 4437 2878 65 61 4104 776 859 5.3 81 320 300 4971156
Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 B 4472 2956 66 62 4284 776 862 5.5 82 323 301 5031166
Pectobacterium carotovorum ssp. carotovorum PC1 B 4246 2906 68 63 4195 773 860 5.4 82 329 302 4971163
Erwinia tasmaniensis Et1/99 B 3427 2276 66 61 3299 727 811 4.5 78 320 293 4501027
Erwinia pyrifoliae Ep1/96 B 3645 2240 61 57 3230 731 797 4.4 77 312 289 4331044
Erwinia amylovora ATCC 49946 B 3437 2159 63 60 3170 741 805 4.3 77 313 298 4511040
Photorhabdus asymbiotica B 4390 2543 58 55 3711 744 796 5 80 319 300 4701122
Photorhabdus luminescens ssp. laumondii TTO1 B 4683 2790 60 54 4032 750 807 5.4 81 327 295 4731130
Buchnera aphidicola APS B 564 490 87 79 793 385 330 2.1 51 328 300 212373
Wigglesworthia glossinidia B 611 514 84 76 803 392 307 2 51 330 297 197393
Sodalis glossinidius morsitans B 2432 1539 63 59 2217 645 646 3.4 71 290 271 369830
Enterobacter sp. 638 B 4115 2870 70 64 4159 762 942 5.5 82 320 295 5001125
Cronobacter turicensis z3032 B 4213 2693 64 62 3908 768 911 5.1 80 305 297 5061139
Cronobacter sakazakii ATCC BAA-894 B 4255 2640 62 60 3832 763 904 5 80 304 295 4931138
Klebsiella variicola At-22 B 5057 3637 72 68 5237 782 974 6.7 85 316 297 5231240
Klebsiella pneumoniae ssp. pneumoniae MGH 78578 B 4776 3415 72 66 4942 761 965 6.5 85 318 296 5111192
Citrobacter rodentium ICC168 B 4800 3014 63 59 4330 809 976 5.4 81 313 296 5221224
Citrobacter koseri ATCC BAA-895 B 4980 3034 61 63 4419 776 976 5.7 82 290 302 5151200
Serratia proteamaculans 568 B 4891 3491 71 65 5003 799 923 6.3 84 323 295 5201232
Proteus mirabilis HI4320 B 3607 2349 65 59 3371 739 802 4.6 78 316 287 4551060
Edwardsiella ictaluri 93-146 B 3783 2157 57 59 3135 738 809 4.2 76 280 290 4561062
Edwardsiella tarda EIB202 B 3535 2254 64 62 3307 742 808 4.5 78 302 295 4661072
Candidatus Blochmannia floridanus B 583 511 88 78 800 389 319 2.1 51 335 300 201391
Candidatus Hamiltonella defensa 5AT B 2094 1097 52 55 1584 534 463 3 66 269 280 289646
Dickeya zeae Ech1591 B 4163 2847 68 62 4058 761 844 5.3 81 326 296 4891148
Dickeya dadantii Ech703 B 3970 2844 72 67 4213 740 847 5.7 82 334 311 5061139
Xenorhabdus bovienii SS-2004 B 4260 2230 52 56 3378 712 747 4.7 79 282 302 4411045
Pantoea ananatis LMG 20103 B 4237 2948 70 65 4255 760 864 5.6 82 324 302 4941183
Candidatus Riesia pediculicola USDA B 544 413 76 79 642 313 243 2.1 51 284 295 159308
Haemophilus parasuis SH0165 B 2021 1328 66 62 1912 602 550 3.2 69 296 282 340754
Haemophilus ducreyi 35000HP B 1717 1021 59 60 1486 536 476 2.8 64 280 280 290645
Haemophilus influenzae Rd KW20 B 1657 1213 73 67 1772 577 557 3.1 67 312 286 328713
Haemophilus somnus 129PT B 1792 1231 69 61 1834 574 538 3.2 69 329 294 328735
Pasteurella multocida ssp. multocida Pm70 B 2015 1440 71 64 2087 620 597 3.4 70 332 296 352800
Actinobacillus succinogenes 130Z B 2079 1535 74 67 2266 624 618 3.6 72 326 296 378826
Actinobacillus pleuropneumoniae L20 B 2012 1444 72 64 2099 617 599 3.4 71 324 291 353805
Aggregatibacter aphrophilus NJ8700 B 2219 1419 64 62 2037 618 579 3.3 70 297 288 356806
Aggregatibacter actinomycetemcomitans D11S-1 B 2134 1387 65 64 1989 590 551 3.4 70 286 281 341777
Xylella fastidiosa 9a5c B 2766 1394 50 56 2075 613 468 3.4 70 268 300 371810
Xanthomonas axonopodis pv. citri 306 B 4312 2866 66 59 4177 742 621 5.6 82 344 308 4941246
Xanthomonas albilineans B 3114 2043 66 61 3214 673 547 4.8 79 353 331 4481041
Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331 B 4062 2427 60 55 3460 702 570 4.9 80 320 293 4541142
Xanthomonas campestris pv. campestris ATCC 33913 B 4181 2808 67 60 4095 734 611 5.6 82 342 308 4921226
Stenotrophomonas maltophilia R551-3 B 4039 2713 67 60 3995 719 588 5.6 82 337 301 4651140
Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 B 4832 3002 62 59 4404 749 787 5.9 83 309 292 4881234
Vibrio harveyi ATCC BAA-1116 B 5920 3314 56 55 4677 751 778 6.2 84 288 284 5001259
Vibrio sp. Ex25 B 4518 2966 66 60 4360 757 776 5.8 83 320 292 5011245
Vibrio splendidus LGP32 B 4431 2853 64 58 4207 726 724 5.8 83 322 292 4751205
Vibrio vulnificus YJ016 B 4955 3026 61 58 4463 749 780 6 83 311 295 5101245
Vibrio cholerae O1 biov. El Tor N16961 B 3835 2406 63 60 3548 723 730 4.9 80 304 291 4741139
Aliivibrio salmonicida LFI1238 B 3804 2310 61 56 3321 694 691 4.8 79 308 283 4421059
Vibrio fischeri ES114 B 3761 2498 66 59 3658 714 722 5.1 80 326 291 4661115
Photobacterium profundum SS9 B 5422 3398 63 57 4891 749 788 6.5 85 316 290 5181279
Pseudomonas entomophila L48 B 5134 3467 68 62 5231 768 719 6.8 85 339 310 5271305
Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000 B 5476 3493 64 59 5148 761 689 6.8 85 331 306 5111279
Pseudomonas stutzeri A1501 B 4128 2802 68 62 4146 727 678 5.7 82 329 299 4841214
Pseudomonas putida KT2440 B 5350 3583 67 61 5311 768 712 6.9 86 333 304 5011291
Pseudomonas fluorescens Pf-5 B 6138 4198 68 62 6311 778 744 8.1 88 340 310 5411381
Pseudomonas mendocina ymp B 4594 3120 68 62 4647 740 697 6.3 84 328 298 4991221
Pseudomonas aeruginosa PAO1 B 5566 3921 70 64 5799 796 781 7.3 86 334 302 5161342
Cellvibrio japonicus Ueda107 B 3754 2416 64 56 3743 703 600 5.3 81 367 321 5121192
Azotobacter vinelandii DJ B 5051 3188 63 64 4690 756 694 6.2 84 303 308 4881234
Psychrobacter sp. PRwf-1 B 2370 1631 69 60 2374 633 497 3.8 73 347 302 360885
Psychrobacter arcticus 273-4 B 2120 1447 68 61 2124 620 472 3.4 71 335 298 347835
Psychrobacter cryohalolentis K5 B 2467 1735 70 61 2533 650 505 3.9 74 343 299 380930
Acinetobacter sp. ADP1 B 3307 2224 67 63 3212 664 550 4.8 79 317 297 403966
Acinetobacter baumannii ATCC 17978 B 3351 2372 71 64 3271 668 492 4.9 80 284 257 385982
Shewanella piezotolerans WP3 B 4933 2930 59 58 4352 722 683 6 83 308 301 4941211
Shewanella loihica PV-4 B 3859 2678 69 62 4005 729 692 5.5 82 340 302 4921166
Shewanella halifaxensis HAW-EB4 B 4278 2878 67 60 4263 726 701 5.9 83 338 301 4831182
Shewanella sediminis HAW-EB3 B 4497 3135 70 61 4591 721 704 6.4 84 339 299 4861181
Shewanella denitrificans OS217 B 3754 2491 66 58 3680 713 666 5.2 81 340 299 4711146
Shewanella pealeana ATCC 700345 B 4241 2838 67 59 4167 724 695 5.8 83 338 299 4761174
Shewanella oneidensis MR-1 B 4318 2725 63 58 4001 741 693 5.4 81 319 294 4901197
Shewanella baltica OS155 B 4307 2911 68 60 4193 730 706 5.7 83 330 293 4851196
Shewanella woodyi ATCC 51908 B 4880 3228 66 58 4746 755 730 6.3 84 344 300 5211302
Shewanella sp. MR-7 B 4006 2690 67 60 3979 739 720 5.4 81 340 302 4801203
Shewanella amazonensis SB2B B 3645 2607 72 63 3886 726 699 5.4 81 346 303 4781169
Shewanella violacea DSS12 B 4346 2624 60 58 3894 733 693 5.3 81 311 298 4921165
Shewanella frigidimarina NCIMB 400 B 4029 2746 68 61 4069 719 678 5.7 82 336 301 4721182
Shewanella putrefaciens CN-32 B 3972 2657 67 59 3929 744 700 5.3 81 333 296 4841186
Idiomarina loihiensis L2TR B 2628 1848 70 63 2741 651 589 4.2 76 331 295 410948
Colwellia psychrerythraea 34H B 4910 2987 61 60 4493 732 653 6.1 84 308 305 5061227
Pseudoalteromonas atlantica T6c B 4281 2992 70 61 4379 735 684 6 83 348 306 4921224
Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 B 3485 2292 66 61 3444 693 639 5 80 320 297 4571093
Saccharophagus degradans 2-40 B 4007 2638 66 56 3995 730 592 5.5 82 364 307 5181232
Marinobacter aquaeolei VT8 B 3858 2620 68 59 3824 710 620 5.4 81 336 291 4641144
Alteromonas macleodii Deep ecotype B 4072 2525 62 60 3762 709 654 5.3 81 310 298 4631158
Psychromonas ingrahamii 37 B 3545 2338 66 60 3530 721 655 4.9 80 332 301 4711095
Teredinibacter turnerae T7901 B 4254 2651 62 57 4222 725 625 5.8 83 351 323 5391257
Coxiella burnetii RSA 493 B 1818 1074 59 61 1593 542 404 2.9 66 284 294 303653
Legionella longbeachae NSW150 B 3403 2016 59 52 2900 658 501 4.4 77 337 299 394968
Legionella pneumophila ssp. pneumophila Philadelphia 1 B 2942 1859 63 55 2655 643 514 4.1 76 340 298 378924
Methylococcus capsulatus Bath B 2956 1953 66 59 2935 686 580 4.3 77 332 298 4221011
Francisella philomiragia ssp. philomiragia ATCC 25017 B 1911 1335 70 64 1927 566 407 3.4 71 324 297 324711
Francisella tularensis ssp. tularensis SCHU S4 B 1604 1072 67 62 1540 534 377 2.9 65 310 287 300635
Thiomicrospira crunogena XCL-2 B 2196 1554 71 64 2374 631 489 3.8 73 330 297 383870
Nitrosococcus halophilus Nc4 B 3749 2330 62 59 3427 719 587 4.8 79 310 296 4501133
Nitrosococcus oceani ATCC 19707 B 2974 1947 65 59 2868 688 557 4.2 76 330 298 4041018
Allochromatium vinosum DSM 180 B 3053 2146 70 63 3389 681 561 5 80 348 310 4441095
Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 B 2865 2025 71 62 3024 698 569 4.3 77 344 304 4391045
Halorhodospira halophila SL1 B 2407 1734 72 64 2587 656 531 3.9 75 339 303 390934
Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7 B 3283 2185 67 61 3180 693 552 4.6 78 306 282 4131028
Halothiobacillus neapolitanus c2 B 2357 1634 69 63 2437 661 485 3.7 73 323 295 395915
Hahella chejuensis KCTC 2396 B 6778 3855 57 55 5710 788 685 7.2 86 312 302 5731454
Chromohalobacter salexigens DSM 3043 B 3298 2311 70 64 3414 703 636 4.9 79 333 303 4421037
Alcanivorax borkumensis SK2 B 2755 1958 71 63 2880 665 567 4.3 77 330 292 401988
Marinomonas sp. MWYL1 B 4439 3133 71 63 4635 720 638 6.4 84 335 300 4721171
Aeromonas salmonicida ssp. salmonicida A449 B 4086 2742 67 61 3978 748 751 5.3 81 315 288 5021175
Aeromonas hydrophila ssp. hydrophila ATCC 7966 B 4122 2908 71 63 4340 759 783 5.7 83 335 297 5331242
Tolumonas auensis DSM 9187 B 3130 2196 70 64 3280 693 700 4.7 79 327 297 4561013
Dichelobacter nodosus VCS1703A B 1280 913 71 63 1333 504 340 2.6 62 326 287 273588
Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 B 3147 1853 59 60 2663 632 487 4.2 76 283 289 375890
Baumannia cicadellinicola Hc B 595 521 88 80 824 404 358 2 51 328 299 210404
Candidatus Carsonella ruddii PV B 182 145 80 77 194 131 58 1.5 32 274 265 41124
Kangiella koreensis DSM 16069 B 2632 1763 67 60 2604 663 561 3.9 75 324 291 405926
Mannheimia succiniciproducens MBEL55E B 2369 1534 65 66 2271 616 615 3.7 73 291 296 377812
Candidatus Vesicomyosocius okutanii HA B 937 753 80 75 1155 484 345 2.4 58 309 288 262518
Candidatus Ruthia magnifica Cm B 976 775 79 74 1200 488 344 2.5 59 313 291 275536
Neisseria meningitidis Z2491 B 1909 1218 64 60 1765 592 472 3 66 300 284 325734
Neisseria gonorrhoeae FA 1090 B 2002 1184 59 59 1709 584 446 2.9 66 281 282 313713
Chromobacterium violaceum ATCC 12472 B 4407 2876 65 61 4226 738 644 5.7 83 317 295 4871174
Laribacter hongkongensis HLHK9 B 3235 1911 59 60 2843 663 550 4.3 77 286 291 398954
Ralstonia pickettii 12J B 4862 3198 66 62 4683 734 619 6.4 84 316 299 4611177
Ralstonia solanacearum GMI1000 B 3437 2274 66 61 3278 704 565 4.7 79 316 291 4191044
Ralstonia eutropha JMP134 B 5846 4216 72 67 6131 749 631 8.2 88 329 304 4831289
Cupriavidus taiwanensis B 5378 3722 69 65 5395 743 637 7.3 86 326 306 4641237
Ralstonia metallidurans CH34 B 5914 4096 69 63 5861 746 635 7.9 87 326 297 4591282
Burkholderia phytofirmans PsJN B 7074 4886 69 65 7093 765 699 9.3 89 325 307 5081389
Burkholderia phymatum STM815 B 5421 3706 68 65 5469 737 662 7.4 87 324 309 4821290
Burkholderia thailandensis E264 B 5634 3738 66 60 5525 779 683 7.1 86 345 311 5041406
Burkholderia pseudomallei K96243 B 5728 3869 68 62 5738 781 687 7.3 86 348 317 5091380
Burkholderia mallei ATCC 23344 B 5024 3188 63 62 4620 743 653 6.2 84 312 306 4671221
Burkholderia sp. 383 B 7717 5395 70 64 7686 779 704 9.9 90 327 301 5181402
Burkholderia ambifaria AMMD B 6565 4583 70 65 6720 775 699 8.7 88 331 309 5231374
Burkholderia cenocepacia AU 1054 B 6477 4534 70 66 6548 772 693 8.5 88 325 304 5221351
Burkholderia multivorans ATCC 17616 B 6121 4117 67 63 5962 768 680 7.8 87 324 303 4861325
Burkholderia vietnamiensis G4 B 6484 4146 64 60 5947 772 674 7.7 87 321 300 5001345
Burkholderia xenovorans LB400 B 8702 5803 67 64 8299 775 711 10.7 91 320 306 5321464
Burkholderia glumae BGR1 B 5366 3606 67 61 5297 754 660 7 86 340 311 4901306
Polynucleobacter necessarius ssp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1 B 2077 1469 71 66 2151 611 469 3.5 72 321 298 348791
Bordetella petrii DSM 12804 B 5027 3480 69 64 4917 717 607 6.9 85 317 294 4381116
Bordetella avium 197N B 3381 2319 69 63 3356 704 562 4.8 79 325 300 4141008
Bordetella pertussis Tohama I B 3436 2592 75 70 3859 679 551 5.7 82 327 302 401952
Bordetella parapertussis 12822 B 4185 3107 74 68 4396 718 575 6.1 84 328 301 4261047
Bordetella bronchiseptica RB50 B 4994 3609 72 67 5117 732 595 7 86 326 304 4411105
Rhodoferax ferrireducens T118 B 4170 2970 71 64 4406 726 585 6.1 84 337 304 4631191
Polaromonas sp. JS666 B 4817 3370 70 65 4794 725 583 6.6 85 315 294 4581155
Polaromonas naphthalenivorans CJ2 B 4084 2778 68 62 4020 729 574 5.5 82 324 295 4341153
Diaphorobacter sp. TPSY B 3479 2394 69 63 3502 700 571 5 80 325 299 4121053
Acidovorax sp. JS42 B 4007 2601 65 59 3747 700 567 5.4 81 324 297 4211093
Acidovorax citrulli AAC00-1 B 4709 2988 63 57 4336 733 571 5.9 83 337 301 4611180
Verminephrobacter eiseniae EF01-2 B 4908 3340 68 63 4694 693 553 6.8 85 336 309 4331080
Delftia acidovorans SPH-1 B 6040 4049 67 61 5919 755 606 7.8 87 335 304 4781292
Variovorax paradoxus S110 B 6279 4413 70 64 6293 760 625 8.3 88 327 300 4981295
Comamonas sp. CNB-1 B 4799 3323 69 64 4757 726 596 6.6 85 322 296 4341175
Methylibium petroleiphilum PM1 B 3819 2619 69 62 3799 724 560 5.2 81 325 295 4281129
Herminiimonas arsenicoxydans B 3295 2123 64 62 3093 689 547 4.5 78 304 290 4101009
Leptothrix cholodnii SP-6 B 4363 3073 70 62 4617 747 594 6.2 84 344 304 4851265
Nitrosomonas eutropha C91 B 2444 1608 66 62 2361 626 489 3.8 73 310 291 378855
Nitrosomonas europaea ATCC 19718 B 2461 1681 68 61 2474 635 490 3.9 74 325 293 381861
Nitrosospira multiformis ATCC 25196 B 2757 1827 66 61 2748 661 509 4.2 76 328 303 399978
Aromatoleum aromaticum EbN1 B 4124 2520 61 58 3704 684 577 5.4 82 316 300 4501080
Dechloromonas aromatica RCB B 4171 2837 68 62 4350 726 604 6 83 329 299 4621202
Thauera sp. MZ1T B 3903 2616 67 59 3920 725 613 5.4 82 342 302 4651160
Thiobacillus denitrificans ATCC 25259 B 2827 1925 68 62 2830 667 529 4.2 76 317 288 402952
Methylobacillus flagellatus KT B 2753 1902 69 64 2859 667 539 4.3 77 324 298 400929
Methylotenera mobilis JLW8 B 2338 1661 71 65 2516 644 509 3.9 74 324 297 391888
Methylovorus sp. SIP3-4 B 2818 1889 67 63 2855 669 551 4.3 77 322 302 416966
Candidatus Accumulibacter phosphatis clade IIA UW-1 B 4326 2820 65 59 4248 730 570 5.8 83 341 306 4951228
Sideroxydans lithotrophicus ES-1 B 2980 1949 65 61 2904 676 523 4.3 77 307 287 433997
Janthinobacterium sp. Marseille B 3697 2540 69 61 3709 697 575 5.3 81 330 291 4161062
Helicobacter hepaticus ATCC 51449 B 1875 1118 60 57 1569 534 323 2.9 66 298 286 276672
Helicobacter mustelae 12198 B 1400 953 68 61 1387 497 311 2.8 64 331 295 251599
Helicobacter acinonychis Sheeba B 1612 894 55 55 1278 476 282 2.7 63 287 284 238545
Helicobacter pylori 26695 B 1576 915 58 53 1303 488 288 2.7 63 318 288 242573
Wolinella succinogenes DSM 1740 B 2042 1431 70 63 2080 548 342 3.8 74 323 289 310750
Sulfurimonas denitrificans DSM 1251 B 2096 1470 70 62 2129 576 336 3.7 73 324 288 329814
Campylobacter hominis ATCC BAA-381 B 1682 970 58 57 1390 493 292 2.8 65 286 282 251606
Campylobacter lari RM2100 B 1503 1030 69 61 1467 513 300 2.9 65 316 281 270633
Campylobacter curvus 525.92 B 1931 1218 63 61 1689 526 313 3.2 69 293 283 272672
Campylobacter concisus 13826 B 1929 1132 59 55 1567 514 299 3 67 297 277 251659
Campylobacter jejuni ssp. jejuni NCTC 11168 B 1623 1120 69 63 1579 529 334 3 66 313 284 280671
Campylobacter fetus ssp. fetus 82-40 B 1719 1174 68 62 1648 540 333 3.1 67 310 283 279679
Arcobacter butzleri RM4018 B 2259 1544 68 60 2178 577 363 3.8 74 321 283 315786
Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946 B 2265 1530 68 62 2189 567 362 3.9 74 313 287 323782
Nitratiruptor sp. SB155-2 B 1843 1332 72 65 1925 571 347 3.4 70 319 287 312741
Sulfurovum sp. NBC37-1 B 2438 1610 66 59 2306 595 359 3.9 74 315 282 330852
Nautilia profundicola AmH B 1730 1199 69 63 1686 536 311 3.1 68 300 275 274679
Geobacter uraniireducens Rf4 B 4357 2999 69 61 4598 705 483 6.5 85 341 302 5081240
Geobacter sp. FRC-32 B 3798 2613 69 62 4029 679 478 5.9 83 339 306 4881163
Geobacter lovleyi SZ B 3606 2460 68 62 3770 665 461 5.7 82 332 299 4791097
Geobacter bemidjiensis Bem B 4018 2739 68 63 4333 690 489 6.3 84 332 309 5021200
Geobacter sulfurreducens PCA B 3445 2350 68 62 3671 687 476 5.3 81 330 301 4751126
Geobacter metallireducens GS-15 B 3519 2494 71 63 3825 686 493 5.6 82 343 303 4851141
Pelobacter propionicus DSM 2379 B 3576 2358 66 60 3594 657 453 5.5 82 328 301 4701078
Pelobacter carbinolicus DSM 2380 B 3352 2226 66 63 3369 660 470 5.1 80 317 303 4561034
Desulfovibrio magneticus RS-1 B 4625 2834 61 57 4454 681 432 6.5 85 328 303 4761236
Desulfovibrio vulgaris Hildenborough B 3379 1970 58 59 3048 633 426 4.8 79 302 303 4231006
Desulfovibrio salexigens DSM 2638 B 3807 2574 68 60 3858 658 451 5.9 83 332 295 4551125
Desulfovibrio desulfuricans ssp. desulfuricans G20 B 3775 2210 59 60 3338 638 435 5.2 81 297 303 4411051
Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 B 1180 846 72 63 1274 465 301 2.7 64 344 303 269552
Desulfomicrobium baculatum DSM 4028 B 3436 2354 69 62 3708 655 434 5.7 82 342 309 4631099
Desulfohalobium retbaense DSM 5692 B 2479 1689 68 63 2583 608 400 4.2 76 327 303 399911
Bdellovibrio bacteriovorus HD100 B 3587 2020 56 50 2861 638 403 4.5 78 326 289 377984
Desulfotalea psychrophila LSv54 B 3116 1919 62 58 2869 631 413 4.5 78 322 300 431968
Desulfococcus oleovorans Hxd3 B 3265 2226 68 59 3329 626 399 5.3 81 354 306 4481024
Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 B 5252 3454 66 57 5417 697 450 7.8 87 359 312 5391334
Desulfobacterium autotrophicum HRM2 B 4867 3160 65 59 4769 686 474 7 86 338 307 5241307
Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 B 4466 3012 67 58 4546 714 507 6.4 84 353 302 5121316
Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C B 4346 2929 67 58 4388 719 506 6.1 84 349 302 4961273
Myxococcus xanthus DK 1622 B 7331 4357 59 52 6895 758 541 9.1 89 379 329 6211633
Sorangium cellulosum So ce 56 B 9381 5644 60 49 8618 790 533 10.9 91 401 325 7001926
Haliangium ochraceum DSM 14365 B 6719 4130 61 50 6467 751 504 8.6 88 411 337 5991645
Syntrophus aciditrophicus SB B 3168 1885 60 60 2843 622 413 4.6 78 297 298 405953
Syntrophobacter fumaroxidans MPOB B 4064 2674 66 60 4032 678 450 5.9 83 336 305 4651183
Rickettsia bellii RML369-C B 1429 861 60 54 1194 462 232 2.6 61 302 271 213517
Rickettsia canadensis McKiel B 1093 615 56 62 907 416 212 2.2 54 263 288 191432
Rickettsia typhi Wilmington B 838 600 72 64 895 409 214 2.2 54 333 297 190423
Rickettsia prowazekii Madrid E B 835 603 72 64 900 413 215 2.2 54 334 297 194431
Rickettsia peacockii Rustic B 927 652 70 65 971 421 218 2.3 57 312 288 191441
Rickettsia felis URRWXCal2 B 1400 868 62 57 1206 464 239 2.6 62 295 270 218523
Rickettsia massiliae MTU5 B 968 679 70 61 982 426 222 2.3 57 326 284 200467
Rickettsia africae ESF-5 B 1030 673 65 61 972 435 220 2.2 55 298 279 197461
Rickettsia akari Hartford B 1259 691 55 60 987 433 220 2.3 56 246 269 195466
Rickettsia rickettsii Sheila Smith B 1345 696 52 59 988 445 220 2.2 55 237 269 197475
Rickettsia conorii Malish 7 B 1374 740 54 57 1041 445 221 2.3 57 248 262 198488
Orientia tsutsugamushi Boryong B 1182 633 54 50 910 378 173 2.4 58 292 273 178399
Wolbachia endosymbiont of Culex_quinquefasciatus Pel B 1275 753 59 52 1088 424 246 2.6 61 316 278 213464
Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster B 1195 647 54 56 974 424 242 2.3 56 283 291 212459
Wolbachia endosymbiont TRS of Brugia malayi B 805 525 65 64 821 393 229 2.1 52 299 294 198403
Wolbachia sp. wRi B 1150 682 59 54 1023 422 242 2.4 59 325 296 214459
Anaplasma phagocytophilum HZ B 1264 622 49 53 932 406 233 2.3 56 264 283 200424
Anaplasma marginale St. Maries B 948 622 66 54 949 428 242 2.2 55 360 296 211459
Anaplasma centrale Israel B 923 615 67 54 940 428 241 2.2 54 366 297 209449
Ehrlichia chaffeensis Arkansas B 1105 616 56 57 924 416 241 2.2 55 281 287 205434
Ehrlichia canis Jake B 925 610 66 56 917 415 239 2.2 55 341 289 203432
Ehrlichia ruminantium Welgevonden B 888 599 67 56 903 417 237 2.2 54 352 291 205435
Neorickettsia sennetsu Miyayama B 932 532 57 61 802 394 213 2 51 268 289 182411
Neorickettsia risticii Illinois B 892 536 60 60 802 395 212 2 51 283 284 178412
Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 B 1354 996 74 70 1409 498 321 2.8 65 308 291 244581
Mesorhizobium loti MAFF303099 B 6743 4335 64 62 6073 733 580 8.3 88 302 289 4571274
Chelativorans sp. BNC1 B 4064 2742 67 63 3931 682 525 5.8 83 323 301 4391083
Parvibaculum lavamentivorans DS-1 B 3636 2566 71 64 3590 659 496 5.4 82 323 291 3931008
Sinorhizobium medicae WSM419 B 3529 2362 67 63 3427 672 509 5.1 80 310 293 4051001
Sinorhizobium meliloti 1021 B 3359 2346 70 65 3378 675 510 5 80 312 289 404994
Agrobacterium vitis S4 B 4288 2957 69 62 4275 707 554 6 83 333 299 4471149
Agrobacterium radiobacter K84 B 6107 4283 70 66 6114 715 585 8.6 88 316 296 4521226
Agrobacterium tumefaciens C58 B 4616 3168 69 65 4553 705 565 6.5 85 314 296 4261121
Rhizobium etli CFN 42 B 4035 2794 69 64 3974 672 522 5.9 83 311 286 4101050
Rhizobium sp. NGR234 B 3630 2463 68 63 3581 671 532 5.3 81 315 291 4021041
Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 B 4694 3233 69 64 4610 692 541 6.7 85 310 287 4231119
Candidatus Liberibacter asiaticus psy62 B 1109 705 64 66 1063 426 267 2.5 60 287 296 229476
Brucella microti CCM 4915 B 3282 2078 63 65 2994 654 523 4.6 78 293 299 375939
Brucella canis ATCC 23365 B 3251 2024 62 64 2909 649 521 4.5 78 287 296 371927
Brucella suis 1330 B 3272 2015 62 64 2902 652 520 4.5 78 285 297 374928
Brucella melitensis bv. 1 16M B 3198 2152 67 66 3064 652 525 4.7 79 297 290 375975
Brucella ovis ATCC 25840 B 2890 1895 66 65 2723 641 498 4.2 76 298 294 363913
Brucella abortus bv. 1 9-941 B 3085 1956 63 65 2835 648 506 4.4 77 288 297 374911
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 B 4424 2975 67 63 4190 691 556 6.1 84 314 293 4051071
Bradyrhizobium sp. ORS278 B 6717 4329 64 61 6131 745 585 8.2 88 316 298 5081356
Bradyrhizobium japonicum USDA 110 B 8317 5398 65 60 7574 747 596 10.1 90 317 295 5231462
Rhodopseudomonas palustris CGA009 B 4813 3314 69 63 4754 716 573 6.6 85 328 299 4591205
Nitrobacter winogradskyi Nb-255 B 3122 1905 61 58 2754 645 468 4.3 77 305 288 374948
Nitrobacter hamburgensis X14 B 3804 2213 58 55 3189 673 487 4.7 79 310 291 4021033
Oligotropha carboxidovorans OM5 B 3722 2213 59 60 3221 662 483 4.9 79 292 293 3941001
Bartonella tribocorum CIP 105476 B 2074 1162 56 52 1682 520 344 3.2 69 307 286 289641
Bartonella henselae Houston-1 B 1488 957 64 60 1423 512 331 2.8 64 314 293 279611
Bartonella grahamii as4aup B 1737 1085 62 57 1587 515 346 3.1 68 324 295 285634
Bartonella quintana Toulouse B 1142 839 73 67 1284 493 319 2.6 62 333 301 265568
Bartonella bacilliformis KC583 B 1283 834 65 64 1262 474 318 2.7 62 302 299 254552
Xanthobacter autotrophicus Py2 B 4746 3106 65 60 4504 692 527 6.5 85 327 298 4471146
Azorhizobium caulinodans ORS 571 B 4717 3288 70 62 4702 701 542 6.7 85 340 305 4591186
Methylobacterium chloromethanicum CM4 B 5173 3115 60 59 4637 713 535 6.5 85 309 304 4611213
Methylobacterium extorquens PA1 B 4829 3068 64 60 4493 706 533 6.4 84 316 301 4591210
Methylobacterium sp. 4-46 B 6609 4073 62 60 5951 740 587 8 88 314 307 5021363
Methylobacterium populi BJ001 B 5314 3203 60 58 4774 715 534 6.7 85 311 301 4601240
Methylobacterium nodulans ORS 2060 B 7355 3956 54 56 5672 741 581 7.7 87 286 297 4891299
Methylobacterium radiotolerans JCM 2831 B 5686 3542 62 61 5157 723 556 7.1 86 307 302 4621262
Beijerinckia indica ssp. indica ATCC 9039 B 3569 2439 68 64 3522 685 494 5.1 81 321 299 4291046
Methylocella silvestris BL2 B 3818 2503 66 61 3636 702 538 5.2 81 320 297 4271119
Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem B 169 121 72 70 164 115 32 1.4 30 258 252 38107
Caulobacter sp. K31 B 5061 3419 68 62 4798 701 551 6.8 85 317 292 4441170
Caulobacter crescentus CB15 B 3737 2507 67 62 3579 680 525 5.3 81 324 300 4071079
Caulobacter segnis ATCC 21756 B 4139 2906 70 65 4109 671 527 6.1 84 325 300 4101086
Phenylobacterium zucineum HLK1 B 3529 2634 75 67 3772 683 509 5.5 82 336 300 4161071
Ruegeria sp. TM1040 B 3030 2058 68 63 2986 644 455 4.6 78 313 291 386934
Ruegeria pomeroyi DSS-3 B 3810 2691 71 64 3920 670 495 5.9 83 322 293 4091042
Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 B 3857 2553 66 62 3668 689 547 5.3 81 315 295 4241060
Rhodobacter capsulatus SB1003 B 3493 2272 65 61 3309 671 506 4.9 80 322 300 4111019
Jannaschia sp. CCS1 B 4212 2789 66 62 3919 693 497 5.7 82 309 288 4091083
Roseobacter denitrificans OCh 114 B 3946 2597 66 63 3730 679 524 5.5 82 312 298 4101050
Paracoccus denitrificans PD1222 B 4461 2893 65 61 4066 695 555 5.9 83 309 292 4161098
Dinoroseobacter shibae DFL 12 B 3584 2391 67 62 3410 676 507 5 80 317 294 4011034
Maricaulis maris MCS10 B 3063 2074 68 60 2967 661 469 4.5 78 329 294 382979
Hyphomonas neptunium ATCC 15444 B 3505 2373 68 63 3337 664 473 5 80 318 295 3851010
Hirschia baltica ATCC 49814 B 3119 2130 68 62 3004 658 478 4.6 78 329 298 391999
Zymomonas mobilis ssp. mobilis ZM4 B 1998 1267 63 65 1831 574 403 3.2 69 295 301 313738
Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 B 3324 2232 67 62 3181 661 474 4.8 79 326 300 403996
Sphingopyxis alaskensis RB2256 B 3165 2184 69 63 3081 662 476 4.7 79 318 292 392990
Sphingomonas wittichii RW1 B 4850 3672 76 67 5037 682 510 7.4 86 339 300 4271123
Sphingobium japonicum UT26S B 4118 2594 63 61 3711 690 507 5.4 81 306 297 4231075
Erythrobacter litoralis HTCC2594 B 3011 1915 64 60 2687 631 441 4.3 77 309 292 363899
Gluconobacter oxydans 621H B 2432 1643 68 62 2353 602 439 3.9 74 333 304 370849
Granulibacter bethesdensis CGDNIH1 B 2437 1662 68 62 2402 623 446 3.9 74 339 307 361879
Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5 B 3472 2321 67 61 3289 663 496 5 80 329 300 403984
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-01 B 2628 1681 64 60 2421 611 480 4 75 329 308 365854
Rhodospirillum centenum SW B 4002 2473 62 59 3582 683 530 5.2 81 315 298 4161082
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 B 3791 2613 69 62 3844 690 529 5.6 82 337 306 4601104
Magnetospirillum magneticum AMB-1 B 4559 2805 62 57 4233 677 505 6.3 84 320 298 4891192
Azospirillum sp. B510 B 2893 1896 66 57 2753 638 429 4.3 77 329 287 372929
alpha proteobacterium IMCC1322 B 2543 1748 69 64 2518 609 438 4.1 76 324 301 349845
Bacillus subtilis ssp. subtilis 168 B 4177 2586 62 62 3785 715 654 5.3 81 294 294 4541063
Bacillus licheniformis ATCC 14580 B 4178 2579 62 62 3680 717 646 5.1 81 288 289 4671052
Bacillus amyloliquefaciens FZB42 B 3693 2423 66 64 3676 693 628 5.3 81 311 304 4331025
Bacillus halodurans C-125 B 4066 2535 62 61 3636 704 613 5.2 81 293 286 4671051
Bacillus weihenstephanensis KBAB4 B 5155 3090 60 59 4303 720 622 6 83 280 277 4511074
Bacillus thuringiensis ser. konkukian 97-27 B 5117 3090 60 58 4271 715 626 6 83 285 275 4531071
Bacillus cereus ATCC 14579 B 5234 3084 59 58 4262 728 625 5.9 83 277 273 4431075
Bacillus anthracis Ames Ancestor B 5309 2971 56 58 4099 711 612 5.8 83 264 274 4501037
Bacillus pseudofirmus OF4 B 3921 2298 59 60 3318 687 581 4.8 79 280 285 4461032
Bacillus clausii KSM-K16 B 4096 2668 65 62 3823 706 606 5.4 82 300 285 4461040
Bacillus pumilus SAFR-032 B 3681 2314 63 63 3340 685 600 4.9 79 291 290 439992
Bacillus megaterium QM B1551 B 5116 3113 61 62 4388 720 637 6.1 84 274 280 4671107
Oceanobacillus iheyensis HTE831 B 3500 2231 64 62 3169 667 563 4.8 79 291 284 411959
Geobacillus sp. WCH70 B 3128 1857 59 58 2678 675 561 4 75 294 286 403933
Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 B 3392 2110 62 62 3040 683 605 4.5 78 291 292 416968
Geobacillus kaustophilus HTA426 B 3498 2117 61 61 3042 691 598 4.4 77 286 289 422970
Anoxybacillus flavithermus WK1 B 2832 1778 63 62 2596 654 539 4 75 295 289 414898
Staphylococcus saprophyticus ssp. saprophyticus ATCC 15305 B 2446 1658 68 66 2341 595 483 3.9 75 286 277 363776
Staphylococcus lugdunensis HKU09-01 B 2490 1639 66 62 2335 602 482 3.9 74 301 285 357778
Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 B 2676 1636 61 59 2309 601 479 3.8 74 287 277 354800
Staphylococcus epidermidis RP62A B 2494 1519 61 60 2192 606 480 3.6 72 288 284 357775
Staphylococcus carnosus ssp. carnosus TM300 B 2462 1671 68 64 2354 623 499 3.8 74 297 280 356809
Staphylococcus aureus ssp. aureus NCTC 8325 B 2892 1669 58 59 2378 620 508 3.8 74 276 281 364816
Listeria welshimeri ser. 6b SLCC5334 B 2774 1818 66 62 2635 624 520 4.2 76 298 282 369843
Listeria innocua Clip11262 B 2968 1910 64 60 2760 624 526 4.4 77 300 279 381860
Listeria seeligeri ser. 1/2b SLCC3954 B 2710 1831 68 63 2677 626 522 4.3 77 305 284 381862
Listeria monocytogenes EGD-e B 2846 1943 68 63 2814 633 531 4.4 78 306 281 376872
Lysinibacillus sphaericus C3-41 B 4584 2677 58 58 3699 696 548 5.3 81 270 270 4401048
Exiguobacterium sp. AT1b B 3020 1951 65 62 2780 652 496 4.3 77 296 282 387888
Exiguobacterium sibiricum 255-15 B 3007 1967 65 62 2772 647 495 4.3 77 295 278 378887
Macrococcus caseolyticus JCSC5402 B 1950 1377 71 65 2006 570 448 3.5 72 314 288 345728
Brevibacillus brevis NBRC 100599 B 5947 3652 61 59 5382 732 610 7.4 86 307 295 5331244
Paenibacillus sp. JDR-2 B 6213 4139 67 58 6089 745 619 8.2 88 339 296 5301271
Alicyclobacillus acidocaldarius ssp. acidocaldarius DSM 446 B 2888 1882 65 63 2715 638 495 4.3 77 306 298 397878
Bacillus tusciae DSM 2912 B 3150 2054 65 62 2930 658 477 4.5 78 303 289 409956
Lactococcus lactis ssp. lactis Il1403 B 2321 1479 64 61 2052 534 420 3.8 74 289 277 308705
Streptococcus gallolyticus UCN34 B 2223 1522 68 62 2145 556 410 3.9 74 305 278 318734
Streptococcus equi ssp. zooepidemicus MGCS10565 B 1893 1177 62 59 1680 503 361 3.3 70 295 279 295641
Streptococcus dysgalactiae ssp. equisimilis GGS_124 B 2095 1362 65 61 1918 529 393 3.6 72 291 275 311673
Streptococcus mitis B6 B 2004 1326 66 59 1873 527 399 3.6 72 310 278 307681
Streptococcus uberis 0140J B 1762 1256 71 66 1814 519 386 3.5 71 304 284 306655
Streptococcus pyogenes M1 GAS B 1697 1109 65 60 1601 514 371 3.1 68 304 281 286626
Streptococcus pneumoniae TIGR4 B 2106 1320 63 61 1887 536 412 3.5 72 285 279 315687
Streptococcus agalactiae NEM316 B 2094 1366 65 59 1921 525 395 3.7 73 308 278 303676
Streptococcus mutans UA159 B 1960 1318 67 64 1877 531 387 3.5 72 296 282 307700
Streptococcus thermophilus LMG 18311 B 1889 1210 64 64 1680 509 381 3.3 70 265 263 281651
Streptococcus suis 05ZYH33 B 2186 1409 64 61 1931 535 395 3.6 72 279 262 296714
Streptococcus sanguinis SK36 B 2270 1467 65 58 2068 556 420 3.7 73 310 281 326741
Streptococcus gordonii Challis subCH1 B 2051 1328 65 59 1916 537 406 3.6 72 313 285 322699
Lactobacillus casei ATCC 334 B 2751 1667 61 59 2317 551 406 4.2 76 288 278 307717
Lactobacillus crispatus ST1 B 2024 1249 62 58 1781 481 326 3.7 73 297 280 267626
Lactobacillus rhamnosus GG B 2944 1749 59 58 2422 549 411 4.4 77 290 282 303736
Lactobacillus johnsonii NCC 533 B 1821 1185 65 57 1697 476 323 3.6 72 325 287 260596
Lactobacillus salivarius UCC118 B 1717 1101 64 61 1585 487 355 3.3 69 297 281 268609
Lactobacillus fermentum IFO 3956 B 1843 1298 70 64 1812 521 380 3.5 71 304 278 264648
Lactobacillus sakei ssp. sakei 23K B 1879 1226 65 61 1729 514 387 3.4 70 290 273 273640
Lactobacillus reuteri DSM 20016 B 1900 1278 67 63 1790 522 376 3.4 71 298 280 282658
Lactobacillus gasseri ATCC 33323 B 1755 1110 63 58 1605 472 324 3.4 71 317 289 254580
Lactobacillus plantarum WCFS1 B 3007 1980 66 61 2766 574 428 4.8 79 306 282 328787
Lactobacillus helveticus DPC 4571 B 1610 1035 64 58 1491 467 316 3.2 69 317 284 251566
Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC 11842 B 1562 990 63 62 1447 474 304 3.1 67 291 287 258561
Lactobacillus brevis ATCC 367 B 2185 1422 65 61 1953 522 385 3.7 73 294 276 272662
Lactobacillus acidophilus NCFM B 1862 1245 67 60 1773 497 333 3.6 72 314 282 264624
Pediococcus pentosaceus ATCC 25745 B 1755 1181 67 62 1707 506 361 3.4 70 305 283 281631
Enterococcus faecalis V583 B 3113 1777 57 54 2551 581 485 4.4 77 296 281 351806
Oenococcus oeni PSU-1 B 1691 1141 67 67 1620 479 323 3.4 70 289 288 256589
Leuconostoc citreum KM20 B 1702 1181 69 65 1703 498 355 3.4 71 313 292 278626
Leuconostoc mesenteroides ssp. mesenteroides ATCC 8293 B 1970 1317 67 64 1872 513 365 3.6 73 304 292 285656
Clostridium phytofermentans ISDg B 3902 2580 66 56 3713 652 457 5.7 82 338 289 4311044
Clostridium novyi NT B 2315 1501 65 59 2223 603 409 3.7 73 317 288 367832
Clostridium kluyveri DSM 555 B 3838 2345 61 58 3363 638 449 5.3 81 290 277 4371013
Clostridium cellulolyticum H10 B 3390 2118 62 57 3305 631 461 5.2 81 345 316 4461010
Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 B 5020 3411 68 61 4948 683 519 7.2 86 315 282 5081167
Clostridium thermocellum ATCC 27405 B 3189 2025 63 56 3042 624 454 4.9 79 335 293 471995
Clostridium tetani E88 B 2373 1545 65 57 2288 570 405 4 75 336 294 364803
Clostridium perfringens 13 B 2660 1736 65 60 2564 620 443 4.1 76 316 291 389897
Clostridium difficile 630 B 3742 2418 65 57 3522 642 472 5.5 82 313 278 415973
Clostridium botulinum A ATCC 3502 B 3572 2210 62 59 3161 659 469 4.8 79 294 278 437996
Clostridium acetobutylicum ATCC 824 B 3672 2342 64 60 3335 664 485 5 80 306 286 4421012
Alkaliphilus oremlandii OhILAs B 2836 1841 65 59 2707 596 413 4.5 78 309 280 384885
Alkaliphilus metalliredigens QYMF B 4625 2648 57 55 3851 681 508 5.7 82 294 280 4551097
Symbiobacterium thermophilum IAM 14863 B 3338 2147 64 60 3021 660 484 4.6 78 310 290 400967
Syntrophomonas wolfei ssp. wolfei Goettingen B 2504 1677 67 59 2495 593 392 4.2 76 323 285 375864
Veillonella parvula DSM 2008 B 1844 1239 67 61 1827 560 391 3.3 69 335 303 316721
Acidaminococcus fermentans DSM 20731 B 2026 1367 67 60 2043 546 388 3.7 73 332 295 334728
Desulfitobacterium hafniense Y51 B 5060 3344 66 59 4758 683 510 7 86 319 286 4671131
Desulfotomaculum reducens MI-1 B 3276 2069 63 58 3033 631 462 4.8 79 305 280 435986
Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771 B 4068 2353 58 54 3471 665 454 5.2 81 300 278 4711051
Pelotomaculum thermopropionicum SI B 2918 1891 65 62 2748 625 447 4.4 77 298 284 418921
Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C B 2157 1410 65 60 2089 590 398 3.5 72 309 286 370805
Heliobacterium modesticaldum Ice1 B 3000 1705 57 58 2569 639 457 4 75 294 301 421906
Finegoldia magna ATCC 29328 B 1631 1082 66 57 1569 508 308 3.1 68 333 285 276631
Anaerococcus prevotii DSM 20548 B 1702 1154 68 60 1684 533 334 3.2 68 327 289 300657
Eubacterium rectale ATCC 33656 B 3621 1897 52 51 2681 607 394 4.4 77 286 280 373894
Eubacterium eligens ATCC 27750 B 2004 1241 62 56 1815 551 344 3.3 70 324 291 325724
Clostridiales genomosp. BVAB3 UPII9-5 B 1526 965 63 55 1411 461 268 3.1 67 346 301 249578
Anaerocellum thermophilum DSM 6725 B 2654 1619 61 57 2357 610 446 3.9 74 313 292 375837
Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 B 2243 1531 68 64 2250 612 463 3.7 73 304 286 376833
Thermoanaerobacter sp. X514 B 2349 1604 68 64 2351 621 465 3.8 74 302 285 390853
Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 B 2588 1715 66 63 2496 615 468 4.1 75 301 284 388870
Thermoanaerobacter italicus Ab9 B 2270 1530 67 63 2259 606 459 3.7 73 308 288 391830
Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 B 2620 1634 62 63 2342 612 443 3.8 74 275 278 388848
Moorella thermoacetica ATCC 39073 B 2463 1699 69 63 2471 627 445 3.9 75 306 281 399870
Ammonifex degensii KC4 B 2052 1323 64 60 1936 580 395 3.3 70 302 283 343742
Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 B 2679 1740 65 59 2527 610 449 4.1 76 318 289 382846
Coprothermobacter proteolyticus DSM 5265 B 1482 1008 68 66 1462 516 294 2.8 65 297 289 274620
Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF B 2882 1849 64 59 2688 635 450 4.2 76 315 289 390912
Halothermothrix orenii H 168 B 2342 1572 67 62 2340 602 448 3.9 74 317 294 389845
Mycoplasma mycoides ssp. mycoides SC PG1 B 1016 600 59 51 829 314 172 2.6 62 324 279 153343
Mycoplasma capricolum ssp. capricolum ATCC 27343 B 812 493 61 47 718 316 169 2.3 56 365 285 154329
Mycoplasma crocodyli MP145 B 689 454 66 51 663 304 152 2.2 54 370 286 146328
Mycoplasma conjunctivae B 691 403 58 44 591 271 118 2.2 54 371 282 131293
Mycoplasma penetrans HF-2 B 1037 575 55 41 803 328 173 2.4 59 386 286 154375
Mycoplasma mobile 163K B 633 422 67 53 631 296 143 2.1 53 370 293 145315
Mycoplasma arthritidis 158L3-1 B 631 368 58 43 550 271 119 2 51 383 284 133282
Mycoplasma agalactiae PG2 B 742 446 60 49 647 285 140 2.3 56 344 280 139309
Mycoplasma synoviae 53 B 659 412 63 49 599 280 130 2.1 53 358 281 133297
Mycoplasma pulmonis UAB CTIP B 782 468 60 45 675 303 144 2.2 55 371 282 139329
Mycoplasma pneumoniae M129 B 689 436 63 49 620 283 139 2.2 54 348 270 135309
Mycoplasma hyopneumoniae 232 B 691 405 59 44 595 265 127 2.2 55 388 294 131292
Mycoplasma hominis B 523 346 66 50 516 251 114 2.1 51 373 284 121264
Mycoplasma genitalium G37 B 475 353 74 57 521 268 132 1.9 49 369 286 122278
Mycoplasma gallisepticum R B 726 441 61 43 634 302 131 2.1 52 401 284 133325
Ureaplasma parvum ser. 3 ATCC 700970 B 614 377 61 45 544 273 112 2 50 372 275 122288
Ureaplasma urealyticum ser. 10 ATCC 33699 B 646 381 59 41 552 272 113 2 51 404 281 125288
Candidatus Phytoplasma mali B 479 313 65 61 489 228 108 2.1 53 318 297 123235
Aster yellows witches-broom phytoplasma AYWB B 671 371 55 58 558 239 120 2.3 57 258 271 129245
Onion yellows phytoplasma OY-M B 750 463 62 58 666 244 124 2.7 63 276 257 129253
Acholeplasma laidlawii PG-8A B 1380 904 66 58 1331 451 268 3 66 327 289 239539
Mesoplasma florum L1 B 682 471 69 55 698 307 157 2.3 56 359 288 153330
Mycobacterium abscessus B 4920 3160 64 60 4437 633 461 7 86 317 298 4061043
Mycobacterium sp. MCS B 5391 3752 70 63 5192 671 497 7.7 87 328 296 4421194
Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis K-10 B 4350 3068 71 63 4344 628 459 6.9 86 338 304 4121055
Mycobacterium vanbaalenii PYR-1 B 5979 4022 67 60 5584 682 508 8.2 88 330 296 4641229
Mycobacterium tuberculosis H37Rv B 3989 2705 68 59 3789 641 471 5.9 83 335 289 3971059
Mycobacterium bovis AF2122/97 B 3920 2662 68 59 3751 640 469 5.9 83 334 290 4031065
Mycobacterium ulcerans Agy99 B 4160 2702 65 58 3778 628 463 6 83 325 291 4081024
Mycobacterium gilvum PYR-GCK B 5241 3607 69 62 5000 672 481 7.4 87 330 296 4411156
Mycobacterium marinum M B 5423 3781 70 59 5531 664 497 8.3 88 366 311 4591218
Mycobacterium smegmatis MC2 155 B 6716 4535 68 65 6267 679 511 9.2 89 315 301 4441216
Mycobacterium leprae TN B 1605 1091 68 64 1652 519 360 3.2 69 335 317 288674
Corynebacterium aurimucosum B 2531 1549 61 56 2192 572 369 3.8 74 324 296 322815
Corynebacterium kroppenstedtii DSM 44385 B 2018 1321 65 59 1909 547 368 3.5 71 350 312 310781
Corynebacterium efficiens YS-314 B 2938 1811 62 56 2545 597 399 4.3 77 325 297 344893
Corynebacterium urealyticum DSM 7109 B 2024 1323 65 57 1877 544 348 3.5 71 349 303 288754
Corynebacterium jeikeium K411 B 2104 1379 66 58 1981 547 354 3.6 72 348 307 300753
Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 Kitasato B 2993 1874 63 58 2610 599 404 4.4 77 318 292 346881
Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 B 2272 1389 61 57 2010 573 367 3.5 71 320 299 320773
Nocardia farcinica IFM 10152 B 5683 3655 64 60 5201 669 475 7.8 87 318 298 4551162
Rhodococcus jostii RHA1 B 7211 4926 68 65 7133 689 531 10.4 90 328 311 4661304
Rhodococcus opacus B4 B 7246 5108 70 66 7358 691 523 10.6 91 332 312 4721291
Rhodococcus erythropolis PR4 B 6030 4141 69 63 5802 686 505 8.5 88 328 302 4441182
Gordonia bronchialis DSM 43247 B 4616 3008 65 60 4233 659 455 6.4 84 325 297 4171105
Streptomyces griseus ssp. griseus NBRC 13350 B 7136 4688 66 59 6895 722 536 9.5 90 351 315 5641474
Streptomyces avermitilis MA-4680 B 7580 4942 65 58 7211 731 536 9.9 90 342 305 5451519
Streptomyces scabiei 87.22 B 8746 5587 64 58 7965 738 559 10.8 91 334 305 6031601
Streptomyces coelicolor A3(2) B 7769 5098 66 59 7273 731 563 9.9 90 330 297 5791502
Tropheryma whipplei Twist B 808 566 70 66 880 386 233 2.3 56 328 310 198431
Leifsonia xyli ssp. xyli CTCB07 B 2030 1317 65 62 1842 533 334 3.5 71 297 282 276699
Clavibacter michiganensis ssp. michiganensis NCPPB 382 B 2984 2031 68 62 2821 587 383 4.8 79 330 300 357882
Arthrobacter sp. FB24 B 4146 2873 69 63 4064 661 471 6.1 84 337 307 4371096
Arthrobacter chlorophenolicus A6 B 3885 2684 69 62 3758 655 444 5.7 83 336 304 4211047
Arthrobacter aurescens TC1 B 4041 2775 69 62 3875 655 446 5.9 83 334 302 4031064
Renibacterium salmoninarum ATCC 33209 B 3507 2279 65 63 3047 588 394 5.2 81 270 263 357920
Kocuria rhizophila DC2201 B 2357 1627 69 62 2317 583 386 4 75 337 303 335842
Micrococcus luteus NCTC 2665 B 2236 1482 66 60 2113 554 370 3.8 74 331 301 319809
Rothia mucilaginosa DY-18 B 1905 1098 58 46 1568 529 329 3 66 383 305 279713
Beutenbergia cavernae DSM 12333 B 4197 2889 69 60 4046 641 423 6.3 84 342 297 4071025
Brachybacterium faecium DSM 4810 B 3068 2077 68 60 2938 595 414 4.9 80 349 312 367922
Jonesia denitrificans DSM 20603 B 2511 1604 64 59 2330 603 382 3.9 74 327 304 355841
Kytococcus sedentarius DSM 20547 B 2554 1669 65 59 2338 580 339 4 75 322 292 332841
Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894 B 3337 2141 64 56 3035 615 417 4.9 80 339 297 385963
Sanguibacter keddieii DSM 10542 B 3710 2470 67 58 3462 639 428 5.4 82 343 297 4041015
Propionibacterium acnes KPA171202 B 2297 1519 66 61 2169 573 379 3.8 74 332 304 341833
Nocardioides sp. JS614 B 4645 3176 68 62 4485 686 457 6.5 85 326 295 4401157
Kribbella flavida DSM 17836 B 6943 4840 70 62 6693 709 520 9.4 89 325 288 5291318
Thermobifida fusca YX B 3110 2070 67 61 2979 630 441 4.7 79 331 303 413955
Thermomonospora curvata DSM 43183 B 4890 3174 65 60 4430 696 483 6.4 84 321 294 4511170
Streptosporangium roseum DSM 43021 B 8945 6043 68 61 8492 750 575 11.3 91 330 296 5861559
Frankia sp. CcI3 B 4499 2831 63 55 3914 646 435 6.1 83 341 296 4111132
Frankia alni ACN14a B 6711 4089 61 58 5695 670 479 8.5 88 322 304 4671316
Acidothermus cellulolyticus 11B B 2157 1550 72 65 2270 611 403 3.7 73 338 308 370878
Nakamurella multipartita DSM 44233 B 5240 3341 64 56 4687 691 474 6.8 85 335 297 4671219
Geodermatophilus obscurus DSM 43160 B 4810 3145 65 61 4393 694 492 6.3 84 311 293 4541209
Kineococcus radiotolerans SRS30216 B 4480 2945 66 61 4139 659 439 6.3 84 320 297 4181105
Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 B 7197 4800 67 62 6889 720 537 9.6 90 322 301 5141360
Saccharomonospora viridis DSM 43017 B 3828 2559 67 62 3656 654 463 5.6 82 325 301 4231049
Actinosynnema mirum DSM 43827 B 6916 4487 65 58 6675 742 523 9 89 346 311 5731438
Salinispora arenicola CNS-205 B 4917 3248 66 60 4666 690 466 6.8 85 337 307 4561195
Salinispora tropica CNB-440 B 4536 3074 68 61 4342 666 455 6.5 85 335 302 4551160
Catenulispora acidiphila DSM 44928 B 8914 5847 66 57 8389 734 545 11.4 91 346 302 6051613
Stackebrandtia nassauensis DSM 44728 B 6379 4183 66 58 5787 695 477 8.3 88 324 287 4691252
Bifidobacterium longum NCC2705 B 1727 1185 69 58 1726 499 307 3.5 71 371 313 279684
Bifidobacterium animalis ssp. lactis AD011 B 1528 1047 69 60 1515 472 291 3.2 69 356 310 254621
Bifidobacterium dentium Bd1 B 2129 1379 65 57 1970 500 308 3.9 75 355 314 276708
Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 B 1631 1108 68 58 1617 480 294 3.4 70 369 317 265650
Gardnerella vaginalis 409-05 B 1258 788 63 54 1171 428 242 2.7 63 363 312 218536
Rubrobacter xylanophilus DSM 9941 B 3140 2267 72 68 3202 642 438 5 80 314 298 384935
Conexibacter woesei DSM 14684 B 5914 4240 72 62 5818 696 465 8.4 88 336 291 4841220
Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331 B 1964 1395 71 66 1991 578 349 3.4 71 325 300 325771
Cryptobacterium curtum DSM 15641 B 1357 963 71 61 1432 479 295 3 67 347 297 263605
Slackia heliotrinireducens DSM 20476 B 2765 1789 65 56 2484 568 344 4.4 77 327 283 330810
Atopobium parvulum DSM 20469 B 1353 962 71 63 1446 474 275 3.1 67 339 301 269598
Eggerthella lenta DSM 2243 B 3070 1993 65 55 2875 574 347 5 80 342 291 336827
Chlamydia muridarum Nigg B 904 563 62 54 861 379 198 2.3 56 355 309 189413
Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX B 895 567 63 56 865 381 196 2.3 56 349 309 189416
Chlamydophila pneumoniae TW-183 B 1113 622 56 52 924 397 205 2.3 57 331 306 191440
Chlamydophila caviae GPIC B 998 601 60 52 898 395 206 2.3 56 349 304 190439
Chlamydophila felis Fe/C-56 B 1005 614 61 53 910 394 209 2.3 57 352 303 192440
Chlamydophila abortus S26/3 B 932 592 64 55 890 391 204 2.3 56 358 308 188431
Candidatus Protochlamydia amoebophila UWE25 B 2031 1096 54 49 1611 513 282 3.1 68 325 298 277655
Borrelia garinii PBi B 832 543 65 58 832 364 165 2.3 56 336 297 184401
Borrelia afzelii PKo B 855 547 64 58 835 364 167 2.3 56 330 297 181402
Borrelia burgdorferi B31 B 851 544 64 57 837 366 163 2.3 56 333 298 182401
Borrelia recurrentis A1 B 800 546 68 58 829 363 171 2.3 56 351 297 177399
Borrelia duttonii Ly B 820 560 68 58 851 365 176 2.3 57 353 298 179405
Borrelia turicatae 91E135 B 818 557 68 58 848 365 172 2.3 57 351 298 180405
Borrelia hermsii DAH B 819 560 68 58 850 366 175 2.3 57 350 297 181404
Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols B 1036 615 59 53 942 408 182 2.3 57 339 304 206454
Treponema denticola ATCC 35405 B 2767 1478 53 50 2085 544 278 3.8 74 313 296 307760
Leptospira borgpetersenii ser. Hardjo-bovis L550 B 2945 1803 61 53 2506 592 362 4.2 76 326 282 335904
Leptospira interrogans ser. Lai 56601 B 4724 2088 44 48 2886 617 367 4.7 79 258 283 3581007
Leptospira biflexa ser. Patoc Patoc 1 (Paris) B 3667 2230 61 54 3177 634 374 5 80 327 289 3791038
Brachyspira hyodysenteriae WA1 B 2611 1616 62 53 2285 584 334 3.9 74 331 285 343807
Candidatus Koribacter versatilis Ellin345 B 4777 3063 64 55 4476 715 510 6.3 84 352 304 5081293
Acidobacterium capsulatum ATCC 51196 B 3377 2173 64 58 3238 672 468 4.8 79 352 318 4241064
Candidatus Solibacter usitatus Ellin6076 B 7826 5129 66 55 7614 755 568 10.1 90 383 322 6421649
Bacteroides vulgatus ATCC 8482 B 4065 2438 60 53 3630 594 424 6.1 84 374 329 4041002
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 B 4778 2937 61 52 4438 616 442 7.2 86 390 330 4541099
Bacteroides fragilis NCTC 9343 B 4184 2460 59 52 3662 610 419 6 83 365 320 4151015
Porphyromonas gingivalis W83 B 1909 1174 61 56 1726 505 318 3.4 71 337 306 308677
Parabacteroides distasonis ATCC 8503 B 3850 2470 64 54 3645 612 425 6 83 375 317 4181016
Prevotella ruminicola 23 B 2763 1830 66 55 2671 566 369 4.7 79 386 322 366898
Salinibacter ruber DSM 13855 B 2801 1877 67 59 2869 633 414 4.5 78 358 317 385987
Rhodothermus marinus DSM 4252 B 2766 1954 71 63 2910 662 499 4.4 77 360 319 4341001
Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 B 3785 2172 57 49 3189 658 403 4.8 79 351 297 3991040
Dyadobacter fermentans DSM 18053 B 5719 3646 64 55 5379 700 477 7.7 87 364 315 4931281
Spirosoma linguale DSM 74 B 6524 4078 63 55 6002 715 493 8.4 88 359 317 5101391
Chitinophaga pinensis DSM 2588 B 7192 4430 62 53 6805 731 496 9.3 89 373 318 5631442
Pedobacter heparinus DSM 2366 B 4252 2812 66 56 4152 655 461 6.3 84 375 318 4371096
Gramella forsetii KT0803 B 3584 2170 61 57 3142 637 412 4.9 80 319 299 392987
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86 B 2412 1533 64 56 2191 588 346 3.7 73 334 293 324791
Flavobacterium johnsoniae UW101 B 5017 3089 62 53 4461 691 464 6.5 85 353 304 4481164
Capnocytophaga ochracea DSM 7271 B 2171 1303 60 54 1899 540 332 3.5 72 345 309 315726
Robiginitalea biformata HTCC2501 B 3209 2042 64 58 2974 629 415 4.7 79 335 307 399991
Zunongwangia profunda SM-A87 B 4653 2725 59 55 3944 666 456 5.9 83 319 302 4201089
Candidatus Sulcia muelleri GWSS B 227 200 88 83 331 187 97 1.8 44 331 314 103173
Blattabacterium sp. Bge B 586 494 84 76 793 376 220 2.1 53 344 312 202383
Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 B 1283 722 56 48 1150 386 194 3 66 376 319 216480
Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2 B 758 611 81 74 975 420 256 2.3 57 348 318 234446
Flavobacteriaceae bacterium 3519-10 B 2534 1561 62 56 2212 586 377 3.8 74 329 301 333826
Fibrobacter succinogenes ssp. succinogenes S85 B 3085 1753 57 47 2511 572 333 4.4 77 376 309 377903
Fusobacterium nucleatum ssp. nucleatum ATCC 25586 B 2067 1288 62 57 1818 530 343 3.4 71 311 285 297704
Leptotrichia buccalis DSM 1135 B 2220 1336 60 55 1869 537 363 3.5 71 309 281 295708
Sebaldella termitidis ATCC 33386 B 4083 2348 58 51 3258 628 455 5.2 81 309 275 377888
Streptobacillus moniliformis DSM 12112 B 1434 896 62 55 1346 443 266 3 67 338 300 235542
Opitutus terrae PB90-1 B 4612 3012 65 57 4700 693 461 6.8 85 380 331 5091290
Coraliomargarita akajimensis DSM 45221 B 3120 1950 62 54 2844 634 402 4.5 78 359 313 394966
Methylacidiphilum infernorum V4 B 2472 1350 55 61 1984 567 375 3.5 71 279 311 336769
Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 B 2138 1379 64 56 2018 555 363 3.6 72 361 315 329760
Gemmatimonas aurantiaca T-27 B 3935 2581 66 57 3794 691 450 5.5 82 361 311 4331141
Rhodopirellula baltica SH 1 B 7325 3218 44 45 4675 667 402 7 86 315 321 5071327
Pirellula staleyi DSM 6068 B 4717 2757 58 48 3923 689 421 5.7 82 375 311 4711196
Elusimicrobium minutum Pei191 B 1529 1004 66 58 1442 494 282 2.9 66 323 284 271605
uncultured Termite group 1 bacterium phylotype Rs-D17 B 761 604 79 72 922 422 255 2.2 54 327 295 221429
Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589 B 1738 1272 73 67 1881 563 366 3.3 70 326 297 333747
Aminobacterium colombiense DSM 12261 B 1876 1269 68 63 1852 528 345 3.5 71 318 294 305674
Synechocystis sp. PCC 6803 B 3172 2078 66 60 3067 653 463 4.7 79 326 298 4101016
Synechococcus elongatus PCC 6301 B 2527 1664 66 62 2415 631 448 3.8 74 311 294 368891
Thermosynechococcus elongatus BP-1 B 2476 1582 64 61 2308 613 422 3.8 73 313 297 367871
Microcystis aeruginosa NIES-843 B 6312 2777 44 50 3871 673 476 5.8 83 250 281 4521078
Cyanothece sp. ATCC 51142 B 5211 2836 54 55 4117 698 499 5.9 83 297 299 4651192
cyanobacterium UCYN-A B 1199 815 68 64 1215 450 285 2.7 63 323 303 239533
Gloeobacter violaceus PCC 7421 B 4430 2772 63 59 3929 691 463 5.7 82 312 296 4521140
Nostoc punctiforme PCC 73102 B 6087 3759 62 58 5916 738 541 8 88 347 325 5471445
Nostoc sp. PCC 7120 B 5366 3206 60 57 4841 712 506 6.8 85 327 310 4911294
Prochlorococcus marinus MIT 9313 B 2269 1358 60 61 1914 570 375 3.4 70 289 294 305778
Trichodesmium erythraeum IMS101 B 4451 2667 60 55 4042 666 471 6.1 84 347 318 4911200
Acaryochloris marina MBIC11017 B 6254 3411 55 56 4928 708 510 7 86 290 296 4811282
Anabaena variabilis ATCC 29413 B 5043 3154 63 58 4818 714 512 6.7 85 342 317 4961302
Chlorobaculum parvum NCIB 8327 B 2043 1441 71 65 2084 605 413 3.4 71 324 298 342807
Chlorobium tepidum TLS B 2245 1388 62 64 1990 589 390 3.4 70 281 292 333782
Chlorobium chlorochromatii CaD3 B 2002 1362 68 54 1972 585 371 3.4 70 377 300 332759
Chlorobium phaeobacteroides DSM 266 B 2650 1731 65 59 2481 617 402 4 75 331 297 372880
Chlorobium phaeovibrioides DSM 265 B 1753 1281 73 65 1884 579 371 3.3 69 340 301 339753
Chlorobium limicola DSM 245 B 2434 1619 67 61 2351 623 416 3.8 74 325 301 374866
Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1 B 2707 1750 65 60 2534 613 394 4.1 76 317 293 360885
Pelodictyon luteolum DSM 273 B 2083 1463 70 63 2150 592 388 3.6 72 336 302 342811
Prosthecochloris aestuarii DSM 271 B 2263 1532 68 63 2214 610 404 3.6 72 324 301 358836
Chloroherpeton thalassium ATCC 35110 B 2710 1857 69 61 2803 657 431 4.3 77 350 312 386974
Dehalococcoides sp. CBDB1 B 1458 978 67 66 1471 489 277 3 67 286 284 262591
Dehalococcoides ethenogenes 195 B 1580 1012 64 64 1486 483 272 3.1 67 278 279 264580
Roseiflexus sp. RS-1 B 4517 3010 67 57 4385 684 483 6.4 84 363 311 4921226
Roseiflexus castenholzii DSM 13941 B 4330 2981 69 59 4353 689 483 6.3 84 361 312 4911227
Chloroflexus sp. Y-400-fl B 4159 2649 64 59 3986 683 475 5.8 83 343 318 4741167
Chloroflexus aggregans DSM 9485 B 3730 2531 68 60 3847 673 480 5.7 83 361 320 4661145
Chloroflexus aurantiacus J-10-fl B 3853 2659 69 60 4016 682 478 5.9 83 365 319 4751175
Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779 B 4976 3307 66 58 5110 714 482 7.2 86 373 325 5551333
Thermomicrobium roseum DSM 5159 B 1917 1306 68 66 1897 577 391 3.3 70 313 304 326754
Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 B 3485 2366 68 63 3343 648 447 5.2 81 327 304 3891006
Deinococcus deserti VCD115 B 2593 1778 69 64 2505 622 444 4 75 314 293 373882
Deinococcus geothermalis DSM 11300 B 2330 1635 70 65 2321 618 447 3.8 73 318 292 368844
Deinococcus radiodurans R1 B 2997 1934 65 60 2650 638 473 4.2 76 307 288 367937
Thermus thermophilus HB27 B 1982 1453 73 69 2080 593 524 3.5 71 304 287 348770
Meiothermus ruber DSM 1279 B 3014 2004 66 63 2791 642 516 4.3 77 309 293 400914
Aquifex aeolicus VF5 B 1529 1150 75 69 1687 561 389 3 67 316 289 299704
Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1 B 1629 1128 69 66 1635 531 332 3.1 68 303 287 282665
Hydrogenobacter thermophilus TK-6 B 1893 1297 69 66 1861 572 384 3.3 69 294 283 309731
Thermocrinis albus DSM 14484 B 1593 1150 72 69 1665 561 379 3 66 301 286 294694
Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1 B 1721 1207 70 66 1778 564 370 3.2 68 305 287 305726
Sulfurihydrogenibium azorense Az-Fu1 B 1723 1199 70 66 1765 559 364 3.2 68 299 286 310716
Persephonella marina EX-H1 B 1981 1365 69 64 1989 604 387 3.3 70 306 286 339797
Thermotoga lettingae TMO B 2040 1481 73 66 2111 576 408 3.7 73 328 298 330751
Thermotoga sp. RQ2 B 1819 1337 74 67 1936 571 475 3.4 71 324 296 343740
Thermotoga naphthophila RKU-10 B 1768 1304 74 68 1893 568 465 3.3 70 318 294 340730
Thermotoga petrophila RKU-1 B 1785 1317 74 68 1919 569 471 3.4 70 322 296 346733
Thermotoga neapolitana DSM 4359 B 1937 1364 70 66 1970 569 474 3.5 71 313 294 334746
Thermotoga maritima MSB8 B 1858 1331 72 67 1923 573 471 3.4 70 315 294 344732
Thermosipho melanesiensis BI429 B 1879 1267 67 62 1798 554 377 3.2 69 310 285 311703
Thermosipho africanus TCF52B B 1954 1298 66 62 1857 561 383 3.3 70 309 289 317707
Fervidobacterium nodosum Rt17-B1 B 1750 1234 71 62 1783 552 374 3.2 69 334 292 313708
Petrotoga mobilis SJ95 B 1898 1330 70 64 1928 568 384 3.4 71 338 308 329725
Kosmotoga olearia TBF 19.5.1 B 2118 1461 69 63 2038 542 368 3.8 73 318 289 308725
Dictyoglomus turgidum DSM 6724 B 1744 1281 73 68 1859 532 370 3.5 71 328 302 312707
Dictyoglomus thermophilum H-6-12 B 1912 1352 71 67 1943 547 382 3.6 72 318 300 311737
Thermodesulfovibrio yellowstonii DSM 11347 B 2033 1437 71 66 2111 578 398 3.7 73 308 286 352775
Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798 B 2832 1957 69 64 2871 618 417 4.6 78 331 309 378898
Deferribacter desulfuricans SSM1 B 2117 1564 74 66 2329 602 414 3.9 74 326 291 374848
Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 B 2964 2070 70 62 3028 626 418 4.8 79 327 290 407950
Magnetococcus sp. MC-1 B 3716 2379 64 54 3796 667 462 5.7 82 365 309 4521136
Methanocaldococcus sp. FS406-22 A 1804 1117 62 58 1508 472 294 3.2 69 283 265 218609
Methanocaldococcus fervens AG86 A 1546 1019 66 61 1379 465 302 3 66 283 264 210584
Methanocaldococcus vulcanius M7 A 1727 1056 61 58 1450 468 295 3.1 68 285 272 223597
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 A 1786 1118 63 58 1516 463 296 3.3 69 284 265 218600
Methanococcus aeolicus Nankai-3 A 1490 1013 68 62 1383 451 271 3.1 67 295 269 207579
Methanococcus maripaludis S2 A 1722 1140 66 62 1540 479 294 3.2 69 285 265 220613
Methanococcus vannielii SB A 1678 1127 67 61 1538 482 303 3.2 69 292 265 220620
Methanosarcina acetivorans C2A A 4540 2577 57 53 3775 609 351 6.2 84 312 291 3691036
Methanosarcina mazei Go1 A 3370 2030 60 54 2838 585 337 4.9 79 303 274 314906
Methanosarcina barkeri Fusaro A 3606 2233 62 57 3204 584 349 5.5 82 311 286 348967
Methanococcoides burtonii DSM 6242 A 2273 1403 62 56 1994 530 294 3.8 73 302 274 276739
Methanohalophilus mahii DSM 5219 A 1987 1314 66 60 1889 523 297 3.6 72 297 271 274729
Methanosaeta thermophila PT A 1696 1136 67 62 1580 491 281 3.2 69 303 279 255645
Methanospirillum hungatei JF-1 A 3139 1998 64 55 2967 551 285 5.4 81 323 280 312898
Methanocorpusculum labreanum Z A 1739 1127 65 59 1543 489 251 3.2 68 300 275 249621
Methanoculleus marisnigri JR1 A 2489 1563 63 60 2208 561 299 3.9 75 289 276 313805
Candidatus Methanoregula boonei 6A8 A 2450 1549 63 59 2294 545 284 4.2 76 297 279 284810
Methanosphaerula palustris E1-9c A 2655 1705 64 63 2725 559 285 4.9 79 308 300 337870
Methanocella paludicola SANAE A 3004 1821 61 59 2581 541 295 4.8 79 285 277 312803
Methanosphaera stadtmanae DSM 3091 A 1534 991 65 57 1393 434 267 3.2 69 322 283 218574
Methanobrevibacter ruminantium M1 A 2217 1276 58 49 1778 479 290 3.7 73 344 295 243685
Methanobrevibacter smithii ATCC 35061 A 1793 1068 60 55 1486 463 277 3.2 69 310 284 228602
Methanopyrus kandleri AV19 A 1687 1005 60 54 1356 445 241 3 67 297 268 202578
Archaeoglobus profundus DSM 5631 A 1819 1072 59 59 1483 491 284 3 67 263 265 256610
Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 A 2420 1573 65 63 2148 533 341 4 75 277 266 284765
Ferroglobus placidus DSM 10642 A 2480 1530 62 59 2017 527 328 3.8 74 268 256 280730
Halobacterium salinarum R1 A 2110 1284 61 59 1785 507 271 3.5 72 286 279 262672
Halobacterium sp. NRC-1 A 2075 1277 62 60 1774 503 271 3.5 72 286 279 260673
Haloarcula marismortui ATCC 43049 A 3412 1919 56 56 2764 570 317 4.8 79 285 285 308875
Haloquadratum walsbyi DSM 16790 A 2610 1487 57 53 2052 539 286 3.8 74 298 278 270740
Natronomonas pharaonis DSM 2160 A 2661 1553 58 56 2245 541 307 4.1 76 294 284 294767
Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 A 3184 1765 55 54 2465 554 316 4.4 78 291 282 282811
Halorhabdus utahensis DSM 12940 A 2998 1719 57 53 2443 562 311 4.3 77 304 281 305836
Halomicrobium mukohataei DSM 12286 A 3173 1771 56 55 2451 561 312 4.4 77 283 278 297801
Haloterrigena turkmenica DSM 5511 A 3739 2112 56 56 2989 583 320 5.1 80 291 288 317887
Natrialba magadii ATCC 43099 A 3559 1902 53 52 2596 563 315 4.6 78 294 286 294848
Haloferax volcanii DS2 A 2945 1669 57 56 2321 561 321 4.1 76 278 276 299780
Thermoplasma volcanium GSS1 A 1499 1044 70 65 1398 460 280 3 67 300 280 202545
Thermoplasma acidophilum DSM 1728 A 1482 1049 71 66 1428 460 271 3.1 68 307 285 214552
Picrophilus torridus DSM 9790 A 1535 1074 70 64 1439 468 274 3.1 67 307 283 209570
Pyrococcus horikoshii OT3 A 1955 1164 60 57 1576 467 340 3.4 70 280 270 221611
Pyrococcus abyssi GE5 A 1780 1216 68 62 1644 471 361 3.5 71 303 274 224616
Pyrococcus furiosus DSM 3638 A 2125 1339 63 61 1788 495 371 3.6 72 276 267 235648
Thermococcus onnurineus NA1 A 1975 1223 62 58 1634 472 331 3.5 71 281 266 220629
Thermococcus kodakarensis KOD1 A 2306 1355 59 56 1821 494 363 3.7 73 277 263 245663
Thermococcus gammatolerans EJ3 A 2156 1293 60 55 1730 480 346 3.6 72 295 269 228660
Thermococcus sibiricus MM 739 A 2035 1254 62 60 1673 473 335 3.5 72 273 266 225633
Aciduliprofundum boonei T469 A 1544 1008 65 61 1438 461 282 3.1 68 303 283 234592
Methanothermobacter thermautotrophicus Delta H A 1873 1195 64 59 1656 486 322 3.4 71 281 262 254668
uncultured methanogenic archaeon RC-I A 3085 1824 59 56 2519 547 310 4.6 78 290 272 304810
Aeropyrum pernix K1 A 1700 1049 62 58 1365 444 237 3.1 67 289 273 187583
Staphylothermus marinus F1 A 1570 932 59 56 1235 407 204 3 67 290 272 169540
Ignicoccus hospitalis KIN4/I A 1434 868 61 58 1147 408 212 2.8 64 278 267 171523
Desulfurococcus kamchatkensis 1221n A 1471 837 57 58 1119 392 195 2.9 65 272 276 162486
Hyperthermus butylicus DSM 5456 A 1602 983 61 57 1271 420 207 3 67 281 261 167548
Sulfolobus tokodaii 7 A 2825 1588 56 56 2076 484 295 4.3 77 269 269 233670
Sulfolobus islandicus Y.N.15.51 A 2850 1653 58 59 2170 500 303 4.3 77 271 275 230672
Sulfolobus solfataricus P2 A 2977 1726 58 57 2247 497 306 4.5 78 282 276 229669
Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 A 2223 1391 63 62 1843 483 287 3.8 74 284 280 220624
Metallosphaera sedula DSM 5348 A 2256 1421 63 61 1893 484 279 3.9 74 284 275 229652
Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 A 2149 1267 59 57 1655 461 253 3.6 72 282 271 198613
Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514 A 2299 1328 58 57 1712 462 265 3.7 73 266 263 205620
Pyrobaculum aerophilum IM2 A 2605 1361 52 54 1761 470 259 3.7 73 252 261 211641
Pyrobaculum islandicum DSM 4184 A 1978 1209 61 61 1570 434 237 3.6 72 267 266 195587
Caldivirga maquilingensis IC-167 A 1963 1289 66 61 1686 460 263 3.7 73 306 285 210604
Thermoproteus neutrophilus V24Sta A 1966 1146 58 57 1479 432 238 3.4 71 269 264 187569
Thermofilum pendens Hrk 5 A 1824 1109 61 55 1436 424 202 3.4 70 293 268 185542
Nitrosopumilus maritimus SCM1 A 1795 1105 62 59 1576 467 240 3.4 70 275 263 207597
Nanoarchaeum equitans Kin4-M A 536 320 60 51 425 211 78 2 50 283 243 75244
Candidatus Korarchaeum cryptofilum OPF8 A 1602 1050 66 60 1395 422 226 3.3 70 297 270 187537

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains ]

Eukaryote strains/versions
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Drosophila melanogaster FlyBase 5.12 (all transcripts) E 21243 13133 62 35 25139 943 857 26.7 96 583 327 9023137
Caenorhabditis elegans WormBase WS194 (all transcripts) E 23885 12154 51 36 19983 905 756 22.1 95 440 310 8772992
Candida albicans WO-1  E 5931 3477 59 37 4787 755 565 6.3 84 478 300 4341506
Saccharomyces cerevisiae YJM789  E 5862 3478 59 37 4880 743 631 6.6 85 484 304 4331501
Saccharomyces cerevisiae RM11-1a  E 5381 3238 60 38 4545 720 609 6.3 84 474 302 4141436
Saccharomyces cerevisiae Ensembl 49_1h (all transcripts) E 6698 3517 53 36 4973 745 634 6.7 85 450 307 4461510
Schizosaccharomyces pombe 972h-  E 5025 3215 64 42 4639 734 556 6.3 84 470 311 4781429
Ajellomyces dermatitidis ER-3  E 9522 4541 48 33 6294 827 628 7.6 87 449 309 5141854
Histoplasma capsulatum H143 E 9532 4272 45 33 5823 800 579 7.3 86 405 295 5101801
Histoplasma capsulatum H88 E 9428 4394 47 33 6160 820 620 7.5 87 445 313 5311827
Histoplasma capsulatum G186AR E 9233 4446 48 33 6219 819 624 7.6 87 452 312 5261840
Paracoccidioides brasiliensis Pb01  E 9131 4112 45 31 5738 812 596 7.1 86 442 307 5071812
Paracoccidioides brasiliensis Pb03  E 7875 4042 51 33 5669 809 590 7 86 477 310 5241810
Coccidioides posadasii str. Silveira  E 10124 4559 45 34 6277 815 610 7.7 87 397 303 5121831
Coccidioides immitis RMSCC 3703  E 10463 4452 43 34 5877 792 566 7.4 87 351 280 4761789
Coccidioides immitis RMSCC 2394  E 10408 4581 44 34 6370 818 630 7.8 87 403 309 5261830
Coccidioides immitis H538.4  E 10593 4457 42 34 5960 797 585 7.5 87 356 288 4851786
Aspergillus fumigatus A1163  E 9929 5902 59 39 8242 852 697 9.7 90 484 320 6012046
Cryptococcus neoformans var. grubii H99  E 6967 3955 57 34 5456 789 567 6.9 86 512 306 4781666
Cryptococcus neoformans B-3501A  E 6578 4039 61 35 5605 792 574 7.1 86 542 309 4771711
Batrachochytrium dendrobatidis JAM81  E 8732 4458 51 33 6169 821 618 7.5 87 450 293 5591756
Oryza sativa ssp. Indica E 49710 22222 45 36 31639 1022 907 31 97 377 306 15854460
Plasmodium falciparum HB3  E 5367 2433 45 20 3469 597 291 5.8 83 701 306 2701160
Plasmodium falciparum Dd2  E 4955 1785 36 18 2598 516 243 5 80 617 313 224943

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains ]

Prokaryote strains
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Escherichia coli ED1a B 4915 3013 61 59 4353 789 991 5.5 82 304 294 5281202
Escherichia coli IAI39 B 4732 3111 66 62 4426 798 999 5.5 82 312 295 5271213
Escherichia coli UMN026 B 4826 3129 65 61 4533 810 1006 5.6 82 315 295 5301238
Escherichia coli 55989 B 4763 3032 64 60 4394 802 1001 5.5 82 313 295 5351219
Escherichia coli S88 B 4696 3038 65 61 4396 798 1002 5.5 82 312 295 5291222
Escherichia coli IAI1 B 4353 2915 67 63 4258 802 1001 5.3 81 315 297 5311211
Escherichia coli BL21 B 4087 2788 68 65 4052 787 976 5.1 81 310 295 5111167
Escherichia coli ATCC 8739 B 4200 2897 69 63 4229 800 1000 5.3 81 324 297 5251195
Escherichia coli BL21(DE3) B 4228 2847 67 65 4160 795 992 5.2 81 310 297 5191182
Escherichia coli SMS-3-5 B 4743 3086 65 62 4493 801 999 5.6 82 311 298 5281222
Escherichia coli SE11 B 4679 2977 64 61 4336 807 1013 5.4 81 309 295 5311221
Escherichia coli APEC O1 B 4428 2957 67 61 4311 760 953 5.7 82 332 302 5221193
Escherichia coli O103:H2 12009 B 5054 3112 62 58 4447 815 1015 5.5 82 306 289 5281217
Escherichia coli UTI89 B 5021 3071 61 60 4478 806 1011 5.6 82 304 299 5401246
Escherichia coli 536 B 4620 3064 66 63 4451 798 997 5.6 82 312 297 5271228
Escherichia coli HS B 4378 2825 65 63 4122 792 991 5.2 81 305 298 5241179
Escherichia coli E24377A B 4749 2969 63 61 4327 807 999 5.4 81 302 296 5331211
Escherichia coli O55:H7 CB9615 B 5014 3135 63 59 4532 810 1013 5.6 82 310 291 5221246
Escherichia coli O26:H11 11368 B 5364 3169 59 57 4542 822 1020 5.5 82 299 289 5421236
Escherichia coli CFT073 B 5339 3164 59 60 4557 791 987 5.8 83 293 296 5191237
Escherichia coli O111:H- 11128 B 4972 3068 62 59 4388 820 1009 5.4 81 302 289 5301216
Escherichia coli O127:H6 E2348/69 B 4554 2949 65 61 4242 804 1006 5.3 81 310 292 5201199
Escherichia coli O157:H7 EDL933 B 5312 3206 60 57 4592 817 1015 5.6 82 302 288 5241248
Escherichia coli O157:H7 TW14359 B 5262 3155 60 57 4515 811 1010 5.6 82 299 286 5201233
Escherichia coli O157:H7 EC4115 B 5315 3078 58 58 4414 809 1008 5.5 82 290 288 5201222
Escherichia coli O157:H7 Sakai B 5230 3163 60 58 4528 816 1012 5.5 82 301 287 5221235
Escherichia coli BW2952 B 4084 2825 69 65 4118 798 1007 5.2 81 317 296 5211182
Escherichia coli K-12 subW3110 B 4226 2914 69 64 4236 797 1003 5.3 81 317 295 5251197
Escherichia coli K-12 subDH10B B 4126 2831 69 64 4111 783 973 5.3 81 314 294 5061160
Escherichia coli B REL606 B 4205 2862 68 64 4182 793 986 5.3 81 317 298 5191180
Salmonella enterica ssp. arizonae ser. 62:z4,z23:-- B 4498 2742 61 60 3933 782 951 5 80 296 290 4991175
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Schwarzengrund CVM19633 B 4500 2818 63 62 4074 790 958 5.2 81 297 293 4931173
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Enteritidis P125109 B 4206 2902 69 64 4203 786 961 5.3 81 317 293 5051181
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Choleraesuis str. SC-B67 B 4413 2827 64 62 4066 785 955 5.2 81 299 289 5061179
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Newport SL254 B 4612 2880 62 62 4163 784 963 5.3 81 297 293 4941175
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Dublin CT_02021853 B 4514 2823 63 62 4072 786 955 5.2 81 296 291 4911165
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Typhi CT18 B 4395 2819 64 61 4027 789 948 5.1 80 302 287 4951166
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Typhi Ty2 B 4318 2811 65 62 4023 788 948 5.1 80 304 288 4961167
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Agona SL483 B 4562 2877 63 62 4157 780 957 5.3 81 299 294 4961173
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Paratyphi C RKS4594 B 4577 2843 62 61 4092 782 946 5.2 81 295 290 4951175
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Paratyphi B SPB7 B 5592 2973 53 60 4278 783 970 5.5 82 258 291 5021206
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Paratyphi A AKU_12601 B 4078 2746 67 63 3937 773 956 5.1 80 308 289 4911157
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Paratyphi A ATCC 9150 B 4093 2755 67 63 3955 773 960 5.1 80 307 290 4911156
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Heidelberg SL476 B 4650 2921 63 61 4194 783 961 5.4 81 297 291 4961183
Salmonella enterica ssp. enterica ser. Gallinarum 287/91 B 3965 2743 69 65 3960 774 944 5.1 80 312 292 4911145
Yersinia pseudotuberculosis PB1/+ B 4150 2557 62 59 3783 767 865 4.9 80 315 304 4821150
Yersinia pseudotuberculosis YPIII B 4192 2539 61 58 3713 766 861 4.8 79 311 299 4781144
Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 B 4124 2543 62 59 3785 770 868 4.9 80 316 302 4781142
Yersinia pestis Z176003 B 3542 2491 70 62 3669 728 823 5 80 345 302 4681091
Yersinia pestis Pestoides F B 3850 2573 67 62 3735 755 856 4.9 80 320 295 4741138
Yersinia pestis Nepal516 B 3981 2625 66 61 3819 761 853 5 80 317 294 4691149
Yersinia pestis Antiqua B 4167 2771 66 62 4030 763 854 5.3 81 315 293 4781166
Yersinia pestis Angola B 3832 2465 64 63 3586 745 839 4.8 79 300 295 4661081
Yersinia pestis biov. Microtus 91001 B 3891 2524 65 61 3714 757 844 4.9 80 319 301 4691127
Yersinia pestis KIM B 4054 2574 63 61 3757 754 840 5 80 312 299 4691139
Shigella flexneri 5 8401 B 4115 2711 66 63 3845 771 941 5 80 299 286 4951136
Shigella flexneri 2a 301 B 4177 2708 65 63 3824 769 944 5 80 293 285 4971127
Shigella boydii CDC 3083-94 B 4246 2492 59 60 3536 763 934 4.6 78 277 283 4791105
Erwinia amylovora CFBP1430 B 3677 2175 59 60 3183 736 806 4.3 77 294 297 4481046
Buchnera aphidicola Cc B 357 321 90 81 522 281 193 1.9 46 330 296 142266
Buchnera aphidicola Bp B 504 440 87 80 709 359 295 2 49 330 303 187348
Buchnera aphidicola Tuc7 B 553 480 87 79 781 385 330 2 51 330 301 212370
Buchnera aphidicola 5A B 555 482 87 79 785 384 329 2 51 330 301 212369
Buchnera aphidicola Sg B 546 474 87 79 752 374 316 2 50 326 296 195364
Klebsiella pneumoniae 342 B 5425 3699 68 66 5314 781 972 6.8 85 304 296 5281242
Klebsiella pneumoniae NTUH-K2044 B 4992 3491 70 67 5045 772 977 6.5 85 312 299 5221229
Candidatus Blochmannia pennsylvanicus BPEN B 610 530 87 78 830 398 337 2.1 52 331 299 208402
Dickeya dadantii Ech586 B 4144 2888 70 64 4214 757 851 5.6 82 330 304 5071152
Haemophilus influenzae PittGG B 1667 1121 67 65 1610 556 509 2.9 65 283 274 303676
Haemophilus influenzae PittEE B 1619 1153 71 67 1665 556 526 3 67 297 281 306688
Haemophilus influenzae 86-028NP B 1792 1213 68 63 1765 569 546 3.1 68 308 286 325717
Haemophilus somnus 2336 B 1980 1309 66 59 1956 586 546 3.3 70 332 296 333749
Actinobacillus pleuropneumoniae ser. 3 JL03 B 2036 1430 70 65 2052 611 591 3.4 70 314 288 347787
Actinobacillus pleuropneumoniae ser. 7 AP76 B 2131 1509 71 64 2187 623 606 3.5 72 320 289 359819
Xylella fastidiosa M23 B 2161 1294 60 59 1967 604 469 3.3 69 310 305 366792
Xylella fastidiosa M12 B 2104 1281 61 61 1928 605 465 3.2 69 303 301 364783
Xylella fastidiosa Temecula1 B 2034 1292 64 60 1962 605 469 3.2 69 322 304 366789
Xanthomonas campestris pv. vesicatoria 85-10 B 4487 2895 65 59 4231 739 619 5.7 83 335 306 4951257
Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A B 4988 2644 53 54 3748 705 573 5.3 81 285 288 4591133
Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 B 4372 2569 59 54 3640 710 583 5.1 80 316 290 4611133
Xanthomonas campestris pv. campestris B100 B 4467 2814 63 59 4090 731 605 5.6 82 330 308 4911247
Xanthomonas campestris pv. campestris 8004 B 4273 2809 66 60 4094 735 609 5.6 82 340 308 4931226
Stenotrophomonas maltophilia K279a B 4386 2780 63 58 4057 722 596 5.6 82 327 297 4651170
Vibrio vulnificus CMCP6 B 4472 2990 67 59 4373 746 776 5.9 83 323 287 4971234
Vibrio cholerae M66-2 B 3693 2388 65 61 3557 726 732 4.9 80 313 295 4821136
Vibrio cholerae O395 B 3875 2442 63 59 3618 734 739 4.9 80 312 293 4891156
Vibrio cholerae MJ-1236 B 3774 2473 66 60 3651 730 738 5 80 322 293 4851159
Vibrio fischeri MJ11 B 3844 2530 66 59 3719 722 723 5.2 81 326 290 4751130
Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A B 4985 3335 67 61 4919 758 694 6.5 85 333 304 5121261
Pseudomonas syringae pv. syringae B728a B 5089 3461 68 62 5270 766 700 6.9 85 349 316 5061289
Pseudomonas putida W619 B 5182 3485 67 62 5197 768 715 6.8 85 329 303 5171272
Pseudomonas putida F1 B 5252 3585 68 62 5392 772 722 7 86 335 306 5101287
Pseudomonas putida GB-1 B 5409 3658 68 62 5458 768 712 7.1 86 334 304 5031276
Pseudomonas fluorescens SBW25 B 5921 4040 68 62 5983 773 724 7.7 87 333 304 5191316
Pseudomonas fluorescens Pf0-1 B 5722 3896 68 62 5823 780 731 7.5 87 336 306 5321344
Pseudomonas aeruginosa LESB58 B 5925 3982 67 62 5888 800 777 7.4 86 328 301 5211358
Pseudomonas aeruginosa PA7 B 6286 3979 63 61 5868 793 768 7.4 86 312 298 5231361
Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 B 5892 4005 68 62 5919 800 778 7.4 86 330 302 5211374
Acinetobacter baumannii AB307-0294 B 3451 2302 67 63 3303 668 564 4.9 80 312 292 403974
Acinetobacter baumannii AYE B 3607 2409 67 61 3426 673 572 5.1 80 315 289 405980
Acinetobacter baumannii SDF B 2913 1803 62 57 2571 627 515 4.1 76 308 284 361839
Acinetobacter baumannii AB0057 B 3790 2387 63 60 3403 675 570 5 80 303 289 405988
Acinetobacter baumannii ACICU B 3667 2378 65 61 3411 678 575 5 80 309 291 417987
Shewanella sp. W3-18-1 B 4044 2643 65 58 3904 749 700 5.2 81 330 295 4901194
Shewanella sp. ANA-3 B 4111 2795 68 59 4169 740 716 5.6 82 345 302 4971207
Shewanella baltica OS223 B 4250 2785 66 59 4127 740 721 5.6 82 336 302 4991201
Shewanella baltica OS185 B 4323 2848 66 58 4212 740 725 5.7 82 337 299 4941199
Shewanella baltica OS195 B 4499 2917 65 58 4277 743 719 5.8 83 332 297 4921211
Shewanella sp. MR-4 B 3924 2697 69 61 3996 735 722 5.4 82 342 302 4851193
Coxiella burnetii CbuK_Q154 B 1905 1101 58 61 1627 545 409 3 67 279 294 307668
Coxiella burnetii CbuG_Q212 B 1871 1078 58 61 1599 552 407 2.9 65 277 294 306660
Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 B 1993 1167 59 59 1725 554 413 3.1 68 295 296 316694
Coxiella burnetii RSA 331 B 1930 1056 55 59 1566 541 404 2.9 65 272 292 299655
Legionella pneumophila Corby B 3206 1915 60 54 2704 655 506 4.1 76 323 292 377946
Legionella pneumophila Paris B 3027 1893 63 55 2690 658 508 4.1 76 335 294 380936
Legionella pneumophila Lens B 2878 1818 63 55 2570 646 507 4 75 337 294 369917
Francisella novicida U112 B 1719 1191 69 63 1718 559 396 3.1 67 331 300 318684
Francisella tularensis ssp. mediasiatica FSC147 B 1406 986 70 65 1444 533 367 2.7 63 322 300 297615
Francisella tularensis ssp. holarctica FTNF002-00 B 1580 1068 68 65 1571 531 361 3 66 303 292 296626
Francisella tularensis ssp. holarctica OSU18 B 1555 1037 67 65 1526 527 364 2.9 65 302 295 293629
Francisella tularensis ssp. holarctica B 1754 1171 67 63 1691 541 371 3.1 68 296 281 301662
Francisella tularensis ssp. tularensis WY96-3418 B 1634 1111 68 65 1635 538 379 3 67 309 294 302642
Francisella tularensis ssp. tularensis FSC198 B 1605 1072 67 62 1540 534 377 2.9 65 310 287 300635
Thioalkalivibrio sp. K90mix B 2575 1823 71 64 2680 662 510 4 75 318 289 388940
Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993 B 2826 1840 65 62 2650 630 486 4.2 76 302 287 368875
Neisseria meningitidis alpha14 B 1872 1212 65 61 1762 593 474 3 66 301 285 322743
Neisseria meningitidis 053442 B 2020 1233 61 61 1785 594 467 3 67 284 281 327740
Neisseria meningitidis FAM18 B 1917 1252 65 61 1805 596 470 3 67 305 285 328751
Neisseria meningitidis MC58 B 2063 1255 61 60 1827 592 474 3.1 68 290 284 324739
Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 B 2662 1317 49 56 1857 592 463 3.1 68 240 273 320749
Ralstonia pickettii 12D B 4591 3054 67 63 4458 730 617 6.1 84 317 299 4481157
Ralstonia eutropha H16 B 6206 4482 72 67 6462 762 649 8.5 88 329 305 4901306
Burkholderia sp. CCGE1002 B 6483 4408 68 65 6467 770 705 8.4 88 321 309 5091373
Burkholderia pseudomallei MSHR346 B 4202 2346 56 60 3444 714 599 4.8 79 284 307 4321093
Burkholderia pseudomallei 1106a B 7174 3843 54 59 5700 774 686 7.4 86 290 317 5031391
Burkholderia pseudomallei 668 B 7230 3861 53 59 5696 773 688 7.4 86 286 314 5011386
Burkholderia pseudomallei 1710b B 6347 3835 60 50 5684 773 685 7.4 86 386 319 5061435
Burkholderia mallei NCTC 10229 B 5510 3287 60 61 4739 750 656 6.3 84 298 306 4681270
Burkholderia mallei NCTC 10247 B 5852 3350 57 61 4847 753 657 6.4 84 289 306 4741270
Burkholderia mallei SAVP1 B 5189 3053 59 62 4425 743 642 6 83 292 306 4651243
Burkholderia ambifaria MC40-6 B 6423 4458 69 64 6463 777 695 8.3 88 328 305 5141370
Burkholderia cenocepacia MC0-3 B 7008 4913 70 65 7151 777 695 9.2 89 327 305 5331381
Burkholderia cenocepacia HI2424 B 6763 4735 70 66 6829 775 698 8.8 89 324 305 5241362
Burkholderia cenocepacia J2315 B 7023 4849 69 65 6997 777 697 9 89 324 303 5261369
Burkholderia multivorans ATCC 17616 B 5981 4069 68 64 5898 768 679 7.7 87 323 303 4871302
Polynucleobacter necessarius ssp. necessarius STIR1 B 1508 1005 67 68 1457 543 386 2.7 63 268 276 289635
Azoarcus sp. BH72 B 3989 2805 70 64 4177 723 619 5.8 83 333 301 4681186
Helicobacter pylori B38 B 1382 883 64 57 1271 487 283 2.6 62 323 287 240559
Helicobacter pylori P12 B 1568 904 58 52 1292 484 287 2.7 63 318 288 242568
Helicobacter pylori G27 B 1493 899 60 54 1279 484 285 2.6 62 319 288 239564
Helicobacter pylori Shi470 B 1569 889 57 54 1280 484 286 2.6 62 303 291 242562
Helicobacter pylori HPAG1 B 1536 912 59 54 1298 487 285 2.7 62 317 286 240564
Helicobacter pylori J99 B 1489 907 61 53 1301 486 286 2.7 63 332 290 242567
Campylobacter jejuni RM1221 B 1838 1112 61 58 1564 538 329 2.9 66 293 281 280678
Campylobacter jejuni ssp. jejuni 81116 B 1626 1122 69 62 1576 526 335 3 67 313 282 278670
Campylobacter jejuni ssp. jejuni 81-176 B 1653 1113 67 62 1561 530 331 2.9 66 305 280 276667
Campylobacter jejuni ssp. doylei 269.97 B 1731 1112 64 61 1550 522 323 3 66 293 276 269649
Geobacter sp. M21 B 4080 2731 67 61 4318 699 495 6.2 84 335 307 5091215
Desulfovibrio vulgaris DP4 B 2941 1976 67 61 3075 630 425 4.9 80 336 306 4261002
Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F B 3180 2153 68 60 3310 644 424 5.1 81 349 308 4191059
Desulfovibrio desulfuricans ssp. desulfuricans ATCC 27774 B 2356 1580 67 59 2354 594 391 4 75 339 300 376883
Anaeromyxobacter sp. K B 4457 2974 67 59 4448 721 510 6.2 84 342 301 5021267
Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1 B 4473 2936 66 58 4384 727 508 6 83 337 300 5001267
Rickettsia bellii OSU 85-389 B 1476 832 56 55 1153 459 231 2.5 60 276 271 209503
Rickettsia rickettsii Iowa B 1384 700 51 58 998 442 222 2.3 56 233 269 198475
Orientia tsutsugamushi Ikeda B 1967 914 46 45 1215 385 178 3.2 68 254 249 178417
Anaplasma marginale Florida B 940 621 66 54 949 428 242 2.2 55 364 297 211458
Ehrlichia ruminantium Gardel B 950 609 64 55 912 417 237 2.2 54 335 287 204442
Ehrlichia ruminantium Welgevonden B 958 614 64 55 916 419 238 2.2 54 332 286 205444
Rhizobium etli CIAT 652 B 4343 2840 65 63 4067 679 533 6 83 300 288 4061065
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 B 4325 2902 67 63 4148 682 528 6.1 84 303 287 4071066
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 B 4565 3122 68 65 4446 688 539 6.5 85 300 285 4131095
Brucella suis ATCC 23445 B 3241 1997 62 63 2853 647 511 4.4 77 285 294 362931
Brucella melitensis ATCC 23457 B 3136 1987 63 65 2863 650 508 4.4 77 288 295 368930
Brucella abortus S19 B 3000 2053 68 67 2953 651 511 4.5 78 303 294 376936
Brucella melitensis biov. Abortus 2308 B 3034 1964 65 66 2825 645 506 4.4 77 290 294 369902
Bradyrhizobium sp. BTAi1 B 7394 4803 65 62 6881 742 594 9.3 89 319 302 5141391
Rhodopseudomonas palustris TIE-1 B 5246 3379 64 62 4865 722 580 6.7 85 314 300 4731221
Rhodopseudomonas palustris HaA2 B 4683 3214 69 62 4644 724 540 6.4 84 330 301 4571196
Rhodopseudomonas palustris BisB5 B 4397 2932 67 62 4233 702 528 6 83 321 301 4331145
Rhodopseudomonas palustris BisB18 B 4886 3170 65 61 4610 712 549 6.5 85 321 303 4561202
Rhodopseudomonas palustris BisA53 B 4878 3090 63 58 4417 712 532 6.2 84 322 293 4551201
Methylobacterium extorquens DM4 B 5599 3254 58 59 4831 712 542 6.8 85 296 300 4641237
Methylobacterium extorquens AM1 B 4957 2984 60 59 4387 713 539 6.2 84 303 299 4571199
Caulobacter crescentus NA1000 B 3876 2548 66 62 3637 684 530 5.3 81 317 300 4121088
Rhodobacter sphaeroides KD131 B 4325 2706 63 61 3874 688 550 5.6 82 302 296 4271088
Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 B 3111 2010 65 62 2896 655 504 4.4 77 309 294 391937
Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029 B 4024 2693 67 62 3864 696 549 5.6 82 320 297 4361101
Zymomonas mobilis ssp. mobilis NCIMB 11163 B 1800 1275 71 64 1871 583 410 3.2 69 338 307 324745
Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5 B 3778 2362 63 60 3354 662 497 5.1 80 313 301 4171005
Bacillus licheniformis ATCC 14580 B 4196 2639 63 62 3746 717 648 5.2 81 292 286 4681067
Bacillus cytotoxicus NVH 391-98 B 3833 2258 59 58 3147 688 583 4.6 78 281 278 413967
Bacillus thuringiensis Al Hakam B 4736 3062 65 60 4264 711 626 6 83 306 281 4611089
Bacillus cereus 03BB102 B 5412 3126 58 58 4330 718 624 6 83 272 276 4631082
Bacillus cereus AH820 B 5474 3139 57 58 4333 719 626 6 83 271 275 4551079
Bacillus cereus AH187 B 5399 3112 58 58 4265 718 618 5.9 83 272 273 4531068
Bacillus cereus B4264 B 5408 3132 58 57 4349 729 625 6 83 279 276 4531094
Bacillus cereus G9842 B 5488 3162 58 58 4373 725 633 6 83 273 276 4501102
Bacillus cereus Q1 B 5191 3094 60 58 4266 715 612 6 83 279 273 4521067
Bacillus cereus E33L B 5134 3143 61 59 4353 709 624 6.1 84 288 277 4531073
Bacillus cereus ATCC 10987 B 5603 3135 56 58 4314 717 629 6 83 264 273 4481082
Bacillus anthracis A0248 B 5040 2928 58 59 4046 712 612 5.7 82 270 275 4471043
Bacillus anthracis CDC 684 B 5579 3170 57 58 4346 721 620 6 83 262 269 4551097
Bacillus anthracis Sterne B 5287 3171 60 59 4356 720 620 6 83 276 270 4561096
Bacillus anthracis Ames B 5311 2973 56 58 4102 712 612 5.8 83 264 274 4511038
Bacillus megaterium DSM319 B 5100 3069 60 62 4346 722 630 6 83 272 281 4641097
Geobacillus sp. Y412MC61 B 3407 2129 62 62 3057 699 617 4.4 77 294 293 427981
Geobacillus sp. Y412MC10 B 6238 4108 66 58 5890 721 618 8.2 88 325 289 5381263
Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 B 2419 1501 62 62 2162 605 479 3.6 72 287 285 347763
Staphylococcus aureus RF122 B 2509 1602 64 62 2302 610 506 3.8 74 293 283 360790
Staphylococcus aureus ssp. aureus ED98 B 2661 1659 62 60 2378 616 505 3.9 74 294 282 360807
Staphylococcus aureus ssp. aureus Newman B 2614 1658 63 59 2373 618 509 3.8 74 305 284 365809
Staphylococcus aureus ssp. aureus Mu3 B 2698 1705 63 60 2445 622 510 3.9 75 297 280 369825
Staphylococcus aureus ssp. aureus USA300_TCH1516 B 2657 1604 60 60 2302 595 483 3.9 74 289 286 352774
Staphylococcus aureus ssp. aureus USA300_FPR3757 B 2560 1686 66 61 2407 624 509 3.9 74 306 282 364816
Staphylococcus aureus ssp. aureus JH1 B 2747 1684 61 59 2407 620 508 3.9 74 294 282 365811
Staphylococcus aureus ssp. aureus JH9 B 2697 1683 62 59 2404 619 508 3.9 74 299 282 365813
Staphylococcus aureus ssp. aureus MSSA476 B 2579 1645 64 61 2366 622 508 3.8 74 296 285 363809
Staphylococcus aureus ssp. aureus MRSA252 B 2656 1687 64 60 2417 622 512 3.9 74 297 283 368818
Staphylococcus aureus ssp. aureus MW2 B 2632 1667 63 60 2392 624 511 3.8 74 298 283 364819
Staphylococcus aureus ssp. aureus N315 B 2588 1694 65 61 2428 620 508 3.9 74 302 281 368822
Staphylococcus aureus ssp. aureus Mu50 B 2697 1705 63 60 2443 622 510 3.9 75 297 280 369824
Staphylococcus aureus ssp. aureus COL B 2612 1641 63 60 2352 622 506 3.8 74 295 283 365808
Listeria monocytogenes 08-5578 B 3010 1974 66 61 2848 634 531 4.5 78 299 280 377877
Listeria monocytogenes 08-5923 B 2966 1964 66 62 2837 634 531 4.5 78 300 281 377876
Listeria monocytogenes Clip80459 B 2766 1914 69 63 2786 628 532 4.4 77 311 284 379865
Listeria monocytogenes HCC23 B 2974 1910 64 61 2755 634 531 4.3 77 295 280 375874
Listeria monocytogenes 4b F2365 B 2821 1895 67 63 2760 627 531 4.4 77 303 283 376857
Lactococcus lactis ssp. lactis KF147 B 2444 1579 65 61 2209 532 435 4.2 76 299 284 314721
Lactococcus lactis ssp. cremoris MG1363 B 2434 1538 63 61 2118 539 426 3.9 75 284 274 312710
Lactococcus lactis ssp. cremoris SK11 B 2384 1430 60 59 1968 526 410 3.7 73 276 273 295668
Streptococcus equi ssp. equi 4047 B 2001 1229 61 57 1752 504 370 3.5 71 303 283 301645
Streptococcus equi ssp. zooepidemicus B 1869 1219 65 59 1750 505 378 3.5 71 316 285 303652
Streptococcus pyogenes MGAS10750 B 1979 1197 60 58 1700 525 371 3.2 69 284 274 295652
Streptococcus pyogenes MGAS10270 B 1986 1196 60 58 1692 524 374 3.2 69 282 273 293663
Streptococcus pyogenes MGAS2096 B 1898 1207 64 60 1704 522 364 3.3 69 284 267 294665
Streptococcus pyogenes MGAS9429 B 1877 1144 61 60 1643 520 373 3.2 68 285 279 290643
Streptococcus pyogenes MGAS6180 B 1894 1165 62 59 1668 524 375 3.2 69 290 276 293653
Streptococcus pyogenes NZ131 B 1700 1133 67 61 1624 514 374 3.2 68 301 277 289647
Streptococcus pyogenes MGAS8232 B 1839 1171 64 60 1663 518 372 3.2 69 291 275 288648
Streptococcus pyogenes MGAS10394 B 1886 1167 62 59 1667 512 372 3.3 69 292 278 290644
Streptococcus pyogenes Manfredo B 1745 1120 64 61 1605 513 369 3.1 68 293 279 286629
Streptococcus pyogenes MGAS315 B 1865 1155 62 59 1648 518 373 3.2 69 291 275 289641
Streptococcus pyogenes SSI-1 B 1861 1145 62 59 1640 517 370 3.2 68 287 275 288638
Streptococcus pyogenes MGAS5005 B 1865 1150 62 60 1639 514 374 3.2 69 284 275 288634
Streptococcus pneumoniae ATCC 700669 B 1990 1309 66 61 1879 529 417 3.6 72 306 283 318691
Streptococcus pneumoniae CGSP14 B 2206 1383 63 60 1957 538 421 3.6 73 289 278 323712
Streptococcus pneumoniae G54 B 2115 1335 63 61 1891 535 416 3.5 72 281 273 314692
Streptococcus pneumoniae P1031 B 2073 1298 63 62 1851 527 413 3.5 72 282 277 308688
Streptococcus pneumoniae JJA B 2123 1303 61 61 1860 541 413 3.4 71 279 278 320695
Streptococcus pneumoniae 70585 B 2202 1344 61 61 1915 539 422 3.6 72 278 278 319700
Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6 B 2155 1332 62 60 1892 539 414 3.5 72 287 277 316701
Streptococcus pneumoniae Taiwan19F-14 B 2044 1304 64 62 1863 532 411 3.5 71 285 278 314682
Streptococcus pneumoniae D39 B 1914 1284 67 63 1842 535 417 3.4 71 297 281 315686
Streptococcus pneumoniae R6 B 2043 1332 65 62 1895 540 419 3.5 72 288 276 316699
Streptococcus agalactiae A909 B 1996 1341 67 61 1892 527 394 3.6 72 305 279 300678
Streptococcus agalactiae 2603V/R B 2124 1348 63 60 1903 531 394 3.6 72 292 278 304680
Streptococcus mutans NN2025 B 1895 1316 69 65 1875 530 382 3.5 72 303 283 306698
Streptococcus thermophilus LMD-9 B 1710 1051 61 63 1512 502 375 3 67 277 286 283609
Streptococcus thermophilus CNRZ1066 B 1915 1215 63 64 1686 511 379 3.3 70 261 264 283646
Streptococcus suis BM407 B 1932 1314 68 62 1860 532 402 3.5 71 310 281 301682
Streptococcus suis SC84 B 1898 1298 68 62 1839 532 401 3.5 71 311 282 300684
Streptococcus suis 98HAH33 B 2185 1401 64 61 1922 537 394 3.6 72 279 264 297725
Streptococcus suis P1/7 B 1824 1262 69 63 1790 528 398 3.4 71 311 283 299673
Lactobacillus casei BL23 B 3044 1824 60 58 2531 559 413 4.5 78 286 278 309740
Lactobacillus rhamnosus Lc 705 B 2913 1784 61 59 2462 549 413 4.5 78 290 279 304747
Lactobacillus johnsonii FI9785 B 1710 1100 64 60 1573 465 316 3.4 70 303 281 251562
Lactobacillus reuteri JCM 1112 B 1820 1279 70 64 1797 531 383 3.4 70 311 282 285664
Lactobacillus plantarum JDM1 B 2948 1961 67 61 2726 574 424 4.7 79 303 279 325786
Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus ATCC BAA-365 B 1721 1057 61 62 1521 480 314 3.2 68 277 279 260580
Clostridium kluyveri NBRC 12016 B 3468 2277 66 60 3290 634 449 5.2 81 311 283 434998
Clostridium perfringens SM101 B 2546 1622 64 59 2377 601 417 4 75 307 285 373845
Clostridium perfringens ATCC 13124 B 2876 1798 63 58 2654 625 445 4.2 76 313 291 402911
Clostridium difficile R20291 B 3507 2345 67 58 3426 641 469 5.3 81 323 281 411978
Clostridium difficile CD196 B 3454 2315 67 58 3392 643 472 5.3 81 323 282 415975
Clostridium botulinum F Langeland B 3631 2250 62 58 3216 663 476 4.9 79 295 276 437997
Clostridium botulinum E3 Alaska E43 B 3256 2071 64 59 3025 655 468 4.6 78 308 286 427967
Clostridium botulinum B1 Okra B 3657 2284 62 59 3246 661 476 4.9 80 292 275 4321001
Clostridium botulinum Ba4 657 B 3785 2272 60 58 3198 656 462 4.9 79 284 273 427996
Clostridium botulinum B Eklund 17B B 3466 2106 61 57 3077 652 453 4.7 79 300 283 433994
Clostridium botulinum A2 Kyoto B 3878 2307 59 57 3297 662 471 5 80 290 278 4421008
Clostridium botulinum A3 Loch Maree B 3655 2285 63 59 3258 653 462 5 80 295 276 436991
Clostridium botulinum A Hall B 3403 2171 64 60 3109 648 462 4.8 79 296 278 429976
Clostridium botulinum A ATCC 19397 B 3548 2222 63 59 3177 658 469 4.8 79 294 277 435995
Desulfitobacterium hafniense DCB-2 B 4883 3156 65 60 4529 693 513 6.5 85 310 286 4671104
Mycoplasma agalactiae B 813 482 59 46 688 289 141 2.4 58 362 281 140312
Mycoplasma hyopneumoniae 7448 B 657 412 63 46 604 269 126 2.2 55 399 292 133293
Mycoplasma hyopneumoniae J B 657 414 63 46 606 268 126 2.3 56 397 290 133294
Ureaplasma parvum ser. 3 ATCC 27815 B 609 374 61 45 541 273 112 2 50 376 277 122288
Candidatus Phytoplasma australiense B 684 388 57 57 580 245 121 2.4 58 274 276 128246
Mycobacterium sp. KMS B 5460 3774 69 63 5221 670 496 7.8 87 325 296 4431188
Mycobacterium sp. JLS B 5739 4008 70 63 5496 659 501 8.3 88 325 294 4431203
Mycobacterium avium 104 B 5120 3379 66 63 4732 632 459 7.5 87 315 302 4041056
Mycobacterium tuberculosis KZN 1435 B 4059 2710 67 58 3784 641 471 5.9 83 331 288 3971064
Mycobacterium tuberculosis H37Ra B 4034 2713 67 59 3800 641 472 5.9 83 332 289 3981062
Mycobacterium tuberculosis F11 B 3941 2690 68 58 3776 639 473 5.9 83 340 291 3971056
Mycobacterium tuberculosis CDC1551 B 4189 2614 62 58 3688 640 470 5.8 83 317 293 3991054
Mycobacterium bovis BCG Tokyo 172 B 3947 2684 68 59 3789 639 468 5.9 83 333 290 4021054
Mycobacterium bovis BCG Pasteur 1173P2 B 3952 2676 68 59 3785 638 468 5.9 83 334 291 4041053
Mycobacterium leprae Br4923 B 1604 1090 68 64 1652 519 360 3.2 69 336 318 289676
Corynebacterium glutamicum R B 3052 1938 63 60 2727 589 397 4.6 78 313 296 345883
Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 Bielefeld B 3057 1877 61 57 2617 600 404 4.4 77 312 292 347886
Tropheryma whipplei TW08/27 B 783 563 72 67 875 383 232 2.3 56 332 308 197422
Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus B 2941 1949 66 61 2738 581 367 4.7 79 320 296 339854
Propionibacterium acnes SK137 B 2352 1505 64 61 2138 573 378 3.7 73 313 300 335812
Frankia sp. EAN1pec B 7191 4820 67 58 6689 688 477 9.7 90 347 301 4841381
Bifidobacterium longum ssp. infantis ATCC 15697 B 2416 1408 58 53 1974 509 313 3.9 74 332 301 280720
Bifidobacterium longum B 1990 1285 65 58 1842 498 312 3.7 73 343 306 282689
Bifidobacterium animalis ssp. lactis Bl-04 B 1567 1063 68 60 1545 479 290 3.2 69 354 310 260627
Bifidobacterium animalis ssp. lactis DSM 10140 B 1566 1060 68 59 1541 479 289 3.2 69 353 310 260626
Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT B 880 562 64 56 857 377 193 2.3 56 350 308 187412
Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT B 875 562 64 57 859 380 196 2.3 56 351 309 190415
Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis B 874 562 64 56 857 379 196 2.3 56 352 308 189414
Chlamydia trachomatis 434/Bu B 874 562 64 56 858 379 196 2.3 56 352 308 190414
Chlamydia trachomatis A/HAR-13 B 911 570 63 56 869 382 194 2.3 56 344 307 189417
Chlamydophila pneumoniae J138 B 1069 622 58 52 925 396 205 2.3 57 343 307 192440
Chlamydophila pneumoniae CWL029 B 1052 612 58 52 914 395 205 2.3 57 344 307 192437
Chlamydophila pneumoniae AR39 B 1112 610 55 52 912 395 204 2.3 57 327 308 192438
Borrelia burgdorferi ZS7 B 808 531 66 58 820 362 164 2.3 56 340 299 179396
Treponema pallidum ssp. pallidum SS14 B 1028 611 59 53 934 406 181 2.3 57 341 305 203452
Leptospira borgpetersenii ser. Hardjo-bovis JB197 B 2880 1743 61 53 2415 592 364 4.1 75 327 285 336898
Leptospira interrogans ser. Copenhageni Fiocruz L1-130 B 3658 2034 56 51 2833 616 368 4.6 78 315 286 357995
Leptospira biflexa ser. Patoc Patoc 1 (Ames) B 3543 2224 63 54 3170 634 374 5 80 337 290 3781038
Bacteroides fragilis YCH46 B 4578 2534 55 51 3745 620 417 6 83 345 318 4241043
Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 B 2090 1188 57 54 1755 511 326 3.4 71 322 306 303689
Salinibacter ruber B 3085 1917 62 58 2912 634 408 4.6 78 342 317 3831001
Candidatus Sulcia muelleri DMIN B 226 197 87 82 329 187 99 1.8 43 338 318 104172
Candidiatus Sulcia muelleri SMDSEM B 242 216 89 82 361 197 99 1.8 45 343 315 107184
Blattabacterium sp. BPLAN B 578 482 83 75 774 368 218 2.1 52 344 312 197376
Synechococcus sp. JA-2-3Ba(2-13) B 2862 1674 58 57 2392 632 437 3.8 74 302 297 367906
Synechococcus sp. JA-3-3Ab B 2760 1658 60 58 2381 630 425 3.8 74 299 290 358879
Synechococcus sp. CC9902 B 2307 1402 61 61 1959 583 381 3.4 70 289 291 314780
Synechococcus sp. RCC307 B 2535 1474 58 61 2070 594 386 3.5 71 276 291 322814
Synechococcus sp. CC9605 B 2645 1474 56 59 2050 596 386 3.4 71 273 288 317805
Synechococcus sp. WH 8102 B 2519 1529 61 60 2116 595 384 3.6 72 289 288 327830
Synechococcus sp. CC9311 B 2892 1555 54 59 2159 596 397 3.6 72 261 288 314827
Synechococcus sp. WH 7803 B 2533 1498 59 60 2095 595 395 3.5 72 289 292 308818
Synechococcus sp. PCC 7002 B 2823 1788 63 59 2603 647 456 4 75 311 292 391935
Synechococcus elongatus PCC 7942 B 2612 1675 64 62 2428 633 453 3.8 74 305 294 370896
Cyanothece sp. PCC 8802 B 4320 2582 60 58 3752 695 498 5.4 81 306 298 4541133
Cyanothece sp. PCC 7425 B 4966 2938 59 58 4389 700 494 6.3 84 308 303 4621212
Cyanothece sp. PCC 7424 B 5227 2924 56 55 4292 709 517 6.1 83 309 302 4901263
Cyanothece sp. PCC 8801 B 4260 2586 61 58 3751 696 497 5.4 81 310 298 4531130
Prochlorococcus marinus NATL1A B 2193 1158 53 63 1635 544 352 3 67 246 293 280697
Prochlorococcus marinus MIT 9301 B 1907 1127 59 66 1586 540 334 2.9 66 260 289 272678
Prochlorococcus marinus MIT 9515 B 1906 1121 59 65 1567 527 328 3 66 263 291 267657
Prochlorococcus marinus AS9601 B 1921 1125 59 65 1591 539 336 3 66 262 291 275674
Prochlorococcus marinus ssp. marinus CCMP1375 B 1883 1127 60 65 1592 531 350 3 67 274 297 270672
Prochlorococcus marinus ssp. pastoris CCMP1986 B 1717 1127 66 67 1577 537 338 2.9 66 283 288 270666
Prochlorococcus marinus MIT 9215 B 1983 1150 58 65 1619 539 340 3 67 260 290 271674
Prochlorococcus marinus MIT 9211 B 1855 1117 60 65 1574 537 344 2.9 66 272 292 270670
Prochlorococcus marinus MIT 9312 B 1810 1133 63 65 1597 535 339 3 66 280 291 275682
Prochlorococcus marinus MIT 9303 B 2997 1472 49 58 2071 577 370 3.6 72 252 296 321815
Prochlorococcus marinus NATL2A B 2163 1143 53 63 1620 542 350 3 67 248 293 279693
Chlorobium phaeobacteroides BS1 B 2469 1586 64 60 2208 610 402 3.6 72 306 286 344829
Dehalococcoides sp. GT B 1417 926 65 64 1381 480 274 2.9 65 287 283 257572
Dehalococcoides sp. VS B 1438 987 69 66 1473 483 275 3 67 295 284 257587
Dehalococcoides sp. BAV1 B 1371 941 69 67 1385 486 281 2.8 65 292 283 259578
Thermus thermophilus HB8 B 1973 1438 73 69 2047 594 521 3.4 71 299 283 338769
Methanococcus maripaludis C6 A 1826 1124 62 58 1514 481 295 3.1 68 278 263 219615
Methanococcus maripaludis C7 A 1788 1144 64 59 1537 479 293 3.2 69 286 266 221620
Methanococcus maripaludis C5 A 1813 1147 63 59 1539 476 294 3.2 69 282 263 214608
Sulfolobus islandicus Y.G.57.14 A 2903 1625 56 57 2126 494 301 4.3 77 269 273 226671
Sulfolobus islandicus L.S.2.15 A 2737 1645 60 59 2138 502 301 4.3 77 279 275 228674
Sulfolobus islandicus M.16.27 A 2656 1626 61 60 2119 494 301 4.3 77 286 281 229664
Sulfolobus islandicus M.14.25 A 2608 1599 61 60 2093 499 302 4.2 76 284 279 230658
Sulfolobus islandicus M.16.4 A 2735 1631 60 60 2127 497 301 4.3 77 275 276 227661
Sulfolobus islandicus L.D.8.5 A 2916 1646 56 59 2145 498 298 4.3 77 263 273 229667

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains ]

Longest transcript per gene
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Homo sapiens 49_36k (longest transcript per gene) E 22997 14754 64 40 30410 1050 1290 29 97 502 315 12824323
Pan troglodytes 49_21h (longest transcript per gene) E 20543 13386 65 41 27344 1039 1269 26.3 96 502 313 12754253
Gorilla gorilla 52_1 (longest transcript per gene) E 16724 11191 67 37 21144 987 1110 21.4 95 535 299 10763929
Pongo pygmaeus 49_1 (longest transcript per gene) E 19944 13087 66 41 26103 1042 1257 25.1 96 495 308 12664203
Macaca mulatta 49_10h (longest transcript per gene) E 21905 14525 66 41 28230 1044 1273 27 96 476 296 12394354
Callithrix jacchus 56_3 (longest transcript per gene) E 20956 14196 68 41 28279 1036 1264 27.3 96 509 304 12634275
Otolemur garnettii 49_1c (longest transcript per gene) E 15443 10481 68 38 19710 965 1070 20.4 95 541 304 10883793
Microcebus murinus 49_1 (longest transcript per gene) E 16319 11105 68 39 21224 989 1146 21.5 95 541 306 11343936
Tarsius syrichta 51_1 (longest transcript per gene) E 13561 9238 68 38 17929 934 1023 19.2 95 544 304 10323507
Rattus norvegicus 49_34s (longest transcript per gene) E 22503 15647 70 43 28346 1033 1252 27.4 96 478 298 12444197
Mus musculus 49_37b (longest transcript per gene) E 23872 15986 67 43 30249 1053 1291 28.7 97 484 307 12964249
Spermophilus tridecemlineatus 49_1e (longest transcript per gene) E 14827 9947 67 37 18279 969 1039 18.9 95 537 300 10483629
Dipodomys ordii 51_1 (longest transcript per gene) E 15750 10967 70 39 20801 1003 1148 20.7 95 562 313 11703900
Cavia porcellus 51_3 (longest transcript per gene) E 18673 13409 72 42 24890 1045 1265 23.8 96 529 312 12544076
Oryctolagus cuniculus 49_1f (longest transcript per gene) E 15438 10414 67 38 18779 948 1073 19.8 95 517 291 10483633
Ochotona princeps 49_1 (longest transcript per gene) E 15843 10899 69 39 20729 997 1139 20.8 95 548 309 11343880
Tupaia belangeri 49_1d (longest transcript per gene) E 15458 10474 68 38 19108 972 1092 19.7 95 527 296 10893661
Sus scrofa 56_9 (longest transcript per gene) E 17492 12000 69 43 21160 985 1144 21.5 95 460 289 11063744
Bos taurus 49_3f (longest transcript per gene) E 21746 14653 67 42 27024 1040 1271 26 96 479 300 12414259
Vicugna pacos 51_1 (longest transcript per gene) E 11704 7963 68 38 14748 916 993 16.1 94 536 301 9603154
Tursiops truncatus 51_1 (longest transcript per gene) E 16492 11494 70 39 23236 1026 1223 22.6 96 572 320 12324119
Canis familiaris 49_2g (longest transcript per gene) E 19304 13804 72 42 25639 1039 1268 24.7 96 527 307 12684226
Felis catus 49_1c (longest transcript per gene) E 14839 9990 67 42 18557 967 1064 19.2 95 452 283 12063689
Equus caballus 49_2 (longest transcript per gene) E 20736 14344 69 43 27803 1025 1243 27.1 96 506 315 12554142
Myotis lucifugus 49_1e (longest transcript per gene) E 16228 11112 68 38 20932 1005 1127 20.8 95 538 299 11213892
Pteropus vampyrus 51_1 (longest transcript per gene) E 16930 11839 70 39 23263 1024 1224 22.7 96 566 317 12264103
Sorex araneus 49_1c (longest transcript per gene) E 13187 9126 69 39 16247 941 1008 17.3 94 526 293 9903291
Erinaceus europaeus 49_1c (longest transcript per gene) E 14588 9984 68 38 18152 960 1056 18.9 95 541 302 10673580
Procavia capensis 51_1 (longest transcript per gene) E 16003 11025 69 38 21280 997 1154 21.3 95 564 312 11713989
Loxodonta africana 49_1d (longest transcript per gene) E 15717 10699 68 39 19466 964 1053 20.2 95 516 293 10173655
Echinops telfairi 49_1e (longest transcript per gene) E 16562 11104 67 38 20433 981 1107 20.8 95 522 296 10813814
Dasypus novemcinctus 49_1f (longest transcript per gene) E 15539 10401 67 38 18404 945 997 19.5 95 491 280 9593411
Macropus eugenii 55_1 (longest transcript per gene) E 15290 10910 71 40 20263 996 1084 20.3 95 557 309 11263810
Monodelphis domestica 49_5d (longest transcript per gene) E 19471 14249 73 45 30651 1041 1230 29.4 97 521 322 12404197
Ornithorhynchus anatinus 49_1f (longest transcript per gene) E 17951 11982 67 43 20013 979 1100 20.4 95 413 269 10493826
Taeniopygia guttata 57_1c (longest transcript per gene) E 17475 11859 68 44 22279 997 1134 22.3 96 449 291 11643914
Meleagris gallopavo 57_2 (longest transcript per gene) E 15295 10121 66 41 18777 991 1128 18.9 95 483 302 11433725
Gallus gallus 49_2g (longest transcript per gene) E 16736 10562 63 41 20416 1007 1150 20.3 95 487 318 11963742
Xenopus tropicalis 49_41i (longest transcript per gene) E 18023 12622 70 45 22429 1063 1202 21.1 95 458 297 12193916
Danio rerio 49_7c (longest transcript per gene) E 21322 15130 71 46 27709 1008 1132 27.5 96 457 299 11473905
Gasterosteus aculeatus 49_1f (longest transcript per gene) E 20787 14485 70 43 28406 1030 1152 27.6 96 518 322 12694227
Oryzias latipes 49_1e (longest transcript per gene) E 19686 13615 69 43 26492 1019 1121 26 96 507 317 12104074
Tetraodon nigroviridis 49_1k (longest transcript per gene) E 27991 16091 57 40 28906 1018 1096 28.4 96 404 281 13445172
Takifugu rubripes 49_4i (longest transcript per gene) E 18523 13923 75 44 27820 1027 1139 27.1 96 564 327 12504244
Anolis carolinensis 55_1a (longest transcript per gene) E 17588 12519 71 46 24759 1011 1166 24.5 96 461 301 11913987
Ciona savignyi 49_2f (longest transcript per gene) E 11604 6360 55 44 11392 845 797 13.5 93 365 290 8192513
Ciona intestinalis 49_2i (longest transcript per gene) E 14180 7855 55 41 13107 854 816 15.3 93 371 277 9092899
Apis mellifera 37.2d (longest transcript per gene) E 13448 6049 45 41 9841 918 762 10.7 91 292 268 7862450
Drosophila melanogaster FlyBase 5.12 (longest transcript per gene) E 21201 13095 62 34 24650 943 857 26.1 96 581 324 9023136
Drosophila melanogaster Ensembl 49_54 (longest transcript per gene) E 14141 7992 57 33 13524 942 851 14.4 93 526 307 8842801
Aedes aegypti 49_1b (longest transcript per gene) E 15419 9312 60 38 15527 924 844 16.8 94 465 293 8882973
Anopheles gambiae 49_3j (longest transcript per gene) E 12457 7621 61 39 12944 935 831 13.8 93 474 301 8792815
Caenorhabditis elegans WormBase WS194 (longest transcript per gene) E 20194 9826 49 35 15103 904 753 16.7 94 416 302 8562698
Caenorhabditis elegans Ensembl 49_180a (longest transcript per gene) E 20140 9840 49 35 15121 903 754 16.7 94 417 301 8592713
Arabidopsis thaliana 9 (longest transcript per gene) E 27379 16073 59 42 22675 925 797 24.5 96 404 290 8272925
Oryza sativa ssp. japonica 5.0 (Not transposons) E 51368 24923 49 38 33944 919 774 36.9 97 361 285 8873400

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains ]

Other organisms and sequence collections
Genome name Excuse Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Ailuropoda melanoleuca  Draft E 21000 14699 70 42 27487 1040 1246 26.4 96 491 294 12654335
Moniliophthora perniciosa FA553  Genome survey E 13560 5347 39 36 5827 659 334 8.8 89 183 166 2251279
Lotus japonicus  Early assembly E 10198 2798 27 31 3599 460 268 7.8 87 224 257 246921
Prunus persica  Early draft E 28689 16722 58 42 23048 905 773 25.5 96 403 292 8182932
Manihot esculenta  Early draft E 47163 22154 47 40 29331 927 779 31.6 97 307 263 8213202
Ricinus communis  Early assembly E 31221 15656 50 41 20995 1022 851 20.5 95 334 273 9733346
Mimulus guttatus  Early draft E 27501 16906 61 43 22736 910 769 25 96 400 282 8392946
Phoenix dactylifera  Early draft E 19414 10351 53 37 13132 822 586 16 94 336 233 6932641
Toxoplasma gondii GT1 Early assembly E 8102 3244 40 17 4574 670 367 6.8 85 682 294 3561475
Toxoplasma gondii VEG Early assembly E 7846 3200 41 17 4536 657 363 6.9 86 699 294 3571445
Toxoplasma gondii RH  Archived E 7793 3296 42 17 4680 681 374 6.9 85 719 293 3731488
Trypanosoma vivax  Parial E 11885 4005 34 22 5253 642 363 8.2 88 434 289 3821432
Trypanosoma congolense  Partial E 13459 4566 34 24 5976 636 368 9.4 89 410 292 3781514
NCBI viral sequences Viral - 79001 16949 21 23 22824 560 367 40.8 98 282 306 3251515
PDB chains (SCOP 1.73) PDB - 21776 21365 98 96 27568 1823 3415 15.1 93 234 228 9332751
TargetDB  Targets - 210418 137814 65 54 182453 1516 2436 120.4 99 308 256 25788924
UniProt 15.0 UniProt - 7966090 4735140 59 51 6831900 1829 3413 3735.3 100 328 280 1222562250
UniProt 15.0 viral sequences Viral - 744867 344330 46 39 459314 603 404 761.7 100 268 228 3851931

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains ]
Please cite: Gough, J., Karplus, K., Hughey, R. and Chothia, C. (2001). "Assignment of Homology to Genome Sequences using a Library of Hidden Markov Models that Represent all Proteins of Known Structure." J. Mol. Biol., 313(4), 903-919.

Please send feedback, comments or questions to superfamily@mrc-lmb.cam.ac.uk or use the feedback form.

© Copyright 2001-2010 The Medical Research Council and the SUPERFAMILY authors; Derek Wilson, Martin Madera and Julian Gough.